В 1808 году лидер Общества филадельфов де Севан неожиданно скончался, и Мале занял его место. К этому моменту генерал стал все больше задаваться вопросом: является ли убийство Наполеона единственно необходимым или есть другие средства для отстранения его от власти? Долго думая над этим, генерал Мале начал рассматривать возможность осуществления государственного переворота, и самым удобным моментом для этого он видел отсутствие императора в Париже во время его продолжительных военных кампаний. Очень скоро Мале убедился, что Наполеон может быть свергнут и без его физического устранения — путем тщательного и осторожного планирования заговора. А как только удар будет нанесен, привыкшее к покорности французское общество смиренно последует за заговорщиками.
В 1807 году уже была упущена подходящая возможность нанесения удара, когда Наполеон находился далеко в Испании. Расстояние до Испании и проблемы Наполеона с организацией связи с Парижем могли бы дать заговорщикам, по крайней мере, четыре дня, чтобы осуществить их план. Но как всегда, когда слишком много людей вовлечены в тайну, одного неосторожного слова оказалось достаточно, чтобы все развалить. Информация о заговоре дошла до министра полиции Фуше, и его участники были арестованы. Именно тогда, летом 1807 года, генерал Мале в первый раз оказался в парижской тюрьме Ля Форс. Пробыл он там ровно год, затем был освобожден, но в 1809 году снова оказался за решеткой.
Вместе с Мале были арестованы генералы Гюне, Дютэртр и несколько офицеров. Им инкриминировался заговор с целью восстановления во Франции республиканского строя. По-видимому, к заговору были также причастны бывший военный министр Серван де Жерби и бывший член Конвента Ланжюине.
Историк А.З. Манфред пишет:
Мале был объявлен сумасшедшим и переведен в клинику для умалишенных знаменитого доктора-психиатра Дюбюиссона на улице Фобур Сент-Антуан, в которой были заключены некоторые государственные преступники. Многие из них носили весьма известные фамилии, например: братья Полиньяки, приговоренные к смерти в 1804 году за участие в деле Жоржа Кадудаля, но затем помилованные; маркиз де Пюивер; Бертье де Совиньи. Здесь же находился и аббат Жан-Батист Лафон, ненавидевший Наполеона за его политику относительно церковной недвижимости и за содержание под стражей в Фонтенбло папы римского Пия VII.
Клиника Дюбюиссона — это не казематы тюрьмы Ля Форс. Только решетки на окнах свидетельствовали здесь об ограничении свободы. Пансион был окружен старинным садом, пациенты имели хороший стол, каждый — отдельную комнату и свободный доступ родственников и друзей. «Сумасшедшие» здесь пребывали особые: это были люди, предпочитавшие не сидеть в тюрьмах, а «лечиться» у доброго доктора Дюбюиссона, стремительно богатевшего от наплыва гонораров. «Острое помешательство» — такой диагноз ставили здесь всем якобинцам и роялистам.
Находясь здесь, Мале и аббат Лафон сблизились друг с другом и приступили к разработке плана очередного заговора. Кто должен быть устранен во время государственного переворота в первую очередь? Какие армейские части должны быть использованы, и какие распоряжения необходимы для этого? Сколько времени необходимо заговорщикам, чтобы получить контроль над ключевыми государственными постами? Документы, необходимые для успешного развития заговора, были подготовлены заранее, в том числе и самый важный из них — указ Сената о падении наполеоновской империи и учреждении Временного правительства.
В то время как Мале и Лафон совершенствовали свой план, наступил 1812 год, и Наполеон начал свой поход в Россию. В отличие от Испании, связь между Москвой и Парижем требовала, по крайней мере, двух с половиной недель. Это время позволяло заговорщикам объявить Наполеона убитым и, воспользовавшись всеобщей растерянностью, успешно совершить задуманное.
Мале предполагал легко собрать многочисленных недовольных офицеров, мечтавших положить конец войне, и создать отряды, необходимые для совершения переворота. Он предполагал, что Наполеон, узнав об удачном развитии заговора, немедленно поспешит вернуться в Париж, однако к тому времени заговорщики надеялись собрать армию достаточно сильную, чтобы встретить его. Мале планировал подписать мир с союзниками, и Франция, и все человечество должны были быть ему благодарны за это.
22 октября 1812 года Мале и аббат Лафон тайно бежали из клиники доктора Дюбюиссона.