В 1794 году по доносу арестовали его 80-летнего старика отца и отправили в тюрьму. Для его спасения Эммануэль написал письмо Мерлену де Тионвилю, одному из влиятельных депутатов Конвента с просьбой о заступничестве, но это не помогло. Он также просил вернуть его в армию в любом звании, хотя бы даже и рядовым. На это Эммануэль возлагал определенные надежды, так как после свержения в конце июля якобинской диктатуры многие прежние решения отменялись и, в частности, бывшие дворяне тоже стали возвращаться в армию. И со всем упорством и максимализмом молодости Груши повторно начинает службу в рядах национальной гвардии уже рядовым солдатом. Он не имеет права на ошибку. Каждый промах может стоить жизни, и ему приходится воевать не за страх, а за совесть. Верность Республике представителям благородного сословия приходилось доказывать собственной кровью. Словно в награду за все тяготы и несправедливости 11 июня 1795 года Груши восстановили в чине генерала дивизии. Он становится первым начальником Западной армии.
После Вандейского периода в конце 1796 года Директория назначила Груши помощником командующего армии, высадившейся на берегах Ирландии. Но ему не удалось закрепиться там. Один из исследователей отмечает: «После семи лет, прошедших между падением Бастилии и началом наполеоновских завоеваний в Северной Италии, один (и только один) из будущих маршалов на пятьдесят ярдов приблизился к цели, о которой все они будут мечтать в их более зрелые годы: о том, чтобы нанести страшный удар в сердце Англии, этого смертельного врага Франции. Когда в начале XIX века Наполеон заявил о своем намерении высадиться в Англии, лондонские карикатуристы представляли эту идею как выдуманную им самим. На самом деле это не так. Вторжение в Англию на протяжении многих веков оставалось так и не сбывшейся мечтой всех ее континентальных соперников. Во времена юности Наполеона было сделано несколько неудачных попыток высадки десанта, но дважды десант был все-таки высажен. При большем везении и лучшем руководстве операцией хотя бы в одном из двух этих случаев успех мог быть достигнут. Первой из этих экспедиций – попыткой вторжения в заливе Бантри-Бей, предпринятой в декабре 1796 года, – командовал Эммануэль Груши».
Правда, нельзя не отметить тот факт, что командующим операцией он оказался лишь волею случая. Десантом на побережье Ирландии, то есть высадкой 6 тысяч солдат с 17 кораблей с целью поднять восстание на острове, был назначен командовать генерал Гош, один из самых известных и влиятельных республиканских генералов. Однако морской шторм расстроил планы и рассеял французский флот. Только небольшая группа кораблей, с которой находился Груши, сумела подобраться к заливу Бантри у юго-западного побережья Ирландии. Груши, будучи начальником штаба и заместителем командующего, был вынужден принять на себя командование и, соответственно, полную ответственность за все свои решения и дальнейшую судьбу кампании ввиду отсутствия командующего.
Британский историк Рональд Делдерфилд пишет:
«Груши, исповедовавший республиканские принципы, делал очень успешную карьеру. Теперь он имел высокий ранг; вместе с тем он не был человеком, любившим нести ответственность. Впрочем, сам по себе этот факт не объясняет ни его служебные промахи, ни незаслуженную репутацию головотяпа… Он был храбрый «трудяга», прирожденный пессимист, вечно испытывающий тревогу. Вместе с тем он обладал достаточной бодростью духа и совестливостью, чтобы обратиться к поискам широких плеч, на которые он смог был переложить свои заботы. Он многое делал наобум, ориентируясь на свои представления о том, как нужно поступать в данный момент; увязнув же в трясине обстоятельств, что случалось с ним почти всегда, он всегда ссылался на скрупулезное следование букве приказа. Он был очень надежен в арьергардных боях, но почти не справлялся с задачами, требующими импровизации».
К сожалению, в 1815 году аналогичная ситуация повторится с пугающей точностью. Адмирал Буве, под чьим командованием находились французские корабли, ставшие на якорь в заливе Бантри, предвидел катастрофу, произошедшую таки впоследствии. Он находил эту затею рискованной, без шансов на удачу, к тому же ожидалось серьезное ненастье и шторм. Адмирал объявил, что не намерен рисковать своим флотом в течение того времени, какое понадобится Груши для высадки. Делдерфилд так описывает этот случай: «Человек, подобный темпераментному Мюрату или импульсивному Ланну разразился бы хохотом и отодвинул бы адмирала локтем и приказал бы начать высадку, но Груши был слишком большим формалистом, чтобы вести себя подобным образом. После шумной ссоры с адмиралом он заперся у себя в каюте и принялся строчить длинный и подробный рапорт. Когда он поставил последнюю точку над «i», корабли уже были во Франции. Расстроенный Гош, прочтя этот рапорт, обругал Груши «жалким писакой». И далее Делдерфилд делает вывод: «Наполеону же еще придется в предстоящие годы оценивать способности Груши в более резких выражениях. История согласилась с ними обоими».