После сдачи на милость победителю над Ла-Валеттой взвился французский флаг и остров был объявлен владением Французской Республики. Бонапарт подытожил это событие громкой фразой: «Я смел взять, и я взял». Он тут же упразднил Мальтийский орден, выслал с острова его членов и изъял принадлежавшие ему сокровища. По словам А. Иванова, «Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами». За считаные дни он ввел на Мальте гражданский кодекс, отменил рабство, освободил всех турецких невольников, ликвидировал все феодальные права и привилегии, сформировал муниципалитеты, назначил судей, учредил начальные и средние школы. Не забыл генерал и о защите острова: комендантом его он назначает генерала Вобуа, в подчинение которому дается французский гарнизон из четырех тысяч солдат. В свободное от решения административных проблем время члены экспедиции наслаждались дарами Мальты. Сам Бонапарт гулял в «прекрасно содержанных и украшенных великолепными апельсиновыми деревьями» садах великого магистра ордена, с удовольствием лакомясь их фруктами. Ровно через неделю, 16 июня, он снял флотилию с якоря и отправился к берегам Египта.
Между тем узнавший о захвате французами Мальты адмирал Нельсон немедленно бросился за ними в погоню. Но, как это ни парадоксально, именно эта поспешность и быстроходность британских кораблей помешали ему потопить флотилию Бонапарта еще на подходе к Египту. Вот как пишет об этом А. Манфред: «Адмирал так кипел желанием настигнуть и разгромить противника, что его эскадра, подняв паруса, промчалась по морю с такой быстротой, что опередила французов; ночью английские корабли пронеслись мимо медленно плывшей французской флотилии, проходившей севернее Крита. Эскадра Нельсона примчалась в Александрию, но там ни о Бонапарте, ни о французах вообще никто ничего не слыхал. Английский адмирал решил, что французский флот направился к Александретту или Константинополю, и устремился туда». Эта цепь случайностей и ошибок спасла тогда наполеоновскую экспедицию, но британский флот мог вернуться в любое мгновение. И понимая это, Наполеон был уверен, что ему надо поспешить с захватом Александрии.
Стремительный захват Александрии
К знаменитому городу, основанному Александром Великим, французская флотилия из 293 кораблей и судов приблизилась вечером 30 июня. И хотя Брюэйс предлагал подождать до утра, Наполеон отдал приказ высаживаться немедленно. Свое решение он мотивировал так: «Адмирал, нам нельзя терять времени. Фортуна дает мне только три дня; если я ими не воспользуюсь, то мы погибнем».
Хотя при отсутствии противодействия со стороны египтян высадка была чисто технической операцией, проходила она нелегко и долго: лодки переворачивались, 20 человек утонуло, часть лошадей пришлось сбрасывать в море, а потом тащить их до земли за лодками. Только к восьми часам утра высадка была закончена и подразделения пехоты оказались в небольшом рыбачьем поселке Марабу, в нескольких километрах от Александрии. Сам Наполеон вступил на землю фараонов в час ночи 2 июля. Утром, рассмотрев город в подзорную трубу, он не стал дожидаться артиллерии и кавалерии, а построил пехотинцев в колонны и без единой пушки сразу бросил их на штурм города.
К вечеру 2 июля после нескольких часов перестрелки и дерзких атак, проведенных под руководством генералов Мену, Клебера и Бона, Александрия была взята. Во время ее штурма погибли 15 человек и 60 были ранены, в том числе и генералы Мену и Клебер.
О дальнейших шагах Наполеона можно узнать из рассказов очевидцев, в частности Бертье: «Как только Бонапарт сделался владетелем Александрии, так приказал транспортные суда ввести в порт города и приступить к выгрузке лошадей, амуниции и других предметов, на них находящихся». Затем последовала «продолжительная и трудная выгрузка с военных судов артиллерии», поскольку те не могли войти в порт и остановились на расстоянии от него.
Несмотря на сопротивление, оказанное французским войскам, город разграблен не был. Бонапарт, вообще считавший, что «грабеж обогащает немногих, бесчестит всех, уничтожает ресурсы и делает нашими врагами тех, чье благорасположение нам нужно», тем более не мог допустить осквернения любимого детища Александра Великого. У него были большие виды на этот город, который, по его мнению, при правильном управлении может достичь блестящего расцвета, что оставит далеко позади такие крупнейшие центры, как Париж, Лондон, Рим и Константинополь.