Депутация из виднейших граждан Мадрида во главе с коррехидором (буквально «исправником») явилась благодарить императора за его милосердие. Однако, как свидетельствуют многочисленные источники, мадридский коррехидор произнес в честь победителя речь, в которой выразил чувства, «которых не было в душах жителей столицы, но занятие ее войсками Наполеона делало этот поступок необходимым». На речь коррехидора Наполеон ответил: «Жалею о вреде, нанесенном Мадриду, и считаю за особенное счастье, что мог его спасти от больших бедствий. Я поспешил принять меры для успокоения всех сословий граждан, потому что знаю, как неизвестность будущности тягостна каждому народу и каждому человеку. Я сохранил монашествующие ордена, но убавил число монашествующих лиц. Избытки упраздненных обителей я повелел обратить в доходы, получаемые сельскими священниками. Я уничтожил также и инквизицию. Духовенству не принадлежит и неприлична светская власть над гражданами. Я прекратил действие феодальных прав; теперь каждое частное лицо может заниматься всяким полезным промыслом. Нет такого препятствия, которого я бы не был в состоянии преодолеть. Нынешнее поколение, может статься, будет непостоянно в образе своих мыслей, потому что им руководят страсти; но ваши дети и дети детей ваших благословят мое имя как имя человека, возродившего их нацию; они внесут в список дней достопамятных дни моего между вами пребывания». Во время своего кратковременного пребывания в столице Испании Наполеон занимался смотром своих войск, а также раздал отличившимся в боях офицерам кресты ордена Почетного легиона.
Пока Наполеон занимался в Мадриде реформаторской деятельностью, что не мешало ему следить и за особами, облеченными властью в Париже, военные действия в испанских провинциях шли своим чередом. В Сарагосе по-прежнему господствовал Палафокс; Венегас и Инфантадо продолжали войну в Ла-Манчи; Куэста и Галиуцо занимали нижнее течение Тахо; Педро Ла Романа стоял в Галисии, Бальестерос – в Астурии.
Англичане оставили Португалию, чтобы поспешить на помощь мадридцам, но главнокомандующий английскими войсками генерал Мур, видя, что не успеет вовремя подойти к испанской столице, изменил свой план и решил двинуться на Вальядолид, чтобы не дать частям французской армии соединиться. Это решение оказалось для генерала роковым. Атакованный с одной стороны и отрезанный с другой, он был вынужден начать отступление. Преследуемый маршалом Сультом до Короньи, Мур был смертельно ранен, потерял десять тысяч человек своего войска, всех лошадей, орудия и запасы. Одновременно Сульт успел нанести удар и по корпусу Ла Романы, который укрывался в Астурийских горах.
Наполеон, лишь только узнал о движении англичан на Мадрид, сам пошел им навстречу. Действия в Галисии начались под его личным руководством. Успех французского оружия был не менее блестящ и в Каталонии. Гувион Сен-Сир, завладев крепостью Розас, занял Барселону; а маркиз де Вивес, потерпев поражение при Кард аде, впал в немилость хунты. «Таким образом, с прибытием Наполеона в Испанию дела приняли другой оборот и победа снова венчала знамена своего любимца. Менее чем за два месяца английская армия уничтожена, корпус Романьи истреблен, столица и главные области государства опять заняты французами. Поражения, нанесенные Дюпону и Жюно, исправлены совершенно!» – писал об этом Горацио Верне в книге «История Наполеона».
Партизанское движение «Герильерос»
Решив, что все основное в Испании сделано и что окончательное устройство завоеванной страны можно доверить своим маршалам, во главе которых был поставлен Никола Жан де Дье Сульт, 17 января 1809 года Наполеон выехал в Париж. Как писал В. Бешанов, «он не мог оставаться больше ни часу на затерянных в горах и непроезжих дорогах Леона и Астурии, вдали от Франции, от Парижа». Наполеон снова оставлял свою армию, как ранее уже это сделал в Египте и как позднее сделает в России. Но теперь это было связано не с военным положением, а с угрозой политического поражения. Бросить испанскую кампанию незавершенной его заставили два обстоятельства. Во-первых, из ряда источников к нему поступили сведения о том, что Австрия сосредотачивает на границе с Баварией и Италией крупные силы и может не сегодня-завтра начать военные действия против Франции. Второе известие было не менее тревожным: Фуше и Талейран, известные до сих пор как непримиримые враги, неожиданно сблизились. И это сближение могло произойти только на политической почве, когда государственные деятели объединяются для борьбы с общим врагом. По словам А. Манфреда, император понял, что «врагом, заставившим Талейрана протянуть руку Фуше, мог быть только очень сильный и опасный противник; им мог быть лишь он, император Наполеон».
22 января в Мадрид вторично вступил Жозеф Бонапарт, рассчитывая наконец прочно утвердиться на испанском престоле. Чтобы легче достичь этой цели, новый король положил в основу своего управления Байоннскую конституцию и те реформы, которые были объявлены Наполеоном после занятия им Мадрида.