Суд над Абакумовым, Леоновым, Лихачевым, Комаровым, Броверманом и Черновым (дело симулянта Шварцмана выделили в отдельное производство) начался 14 декабря 1953 года в ленинградском Доме офицеров. Судила бывшего главу МГБ и его товарищей Военная коллегия Верховного Суда СССР. Судебные заседания считались открытыми, однако стенограмма процесса была снабжена грифом «совершенно секретно», из чего можно заключить: вся публика в зале окружного Дома офицеров была бравая и присяжная, из числа бывших подчиненных Абакумова, заранее давших подписку о неразглашении. Абакумов сразу же заявил ряд ходатайств, ни одно из которых удовлетворено не было. Виктор Семенович требовал приобщить к делу его докладные записки в ЦК и Совмин; постановления ЦК о расследовании преступной деятельности фигурантов «ленинградского дела»; его, Абакумова, собственные приказы о ликвидации недостатков в работе следственного аппарата министерства; постановления директивных органов о сокрытии бывшим главой МГБ Меркуловым ряда материалов по «авиационному делу». Абакумов также потребовал вызвать в суд бывшего первого заместителя министра госбезопасности генерал-лейтенанта С. И. Огольцова, курировавшего Следственную часть по особо важным делам, рассмотреть факты применения к нему и другим подсудимым в период следствия мер физического воздействия и занести в протокол судебного заседания, что в период следствия ему, Абакумову, не разрешали писать заявления в Президиум ЦК КПСС. Суду все было ясно, приговор написали заранее, а задачей прокурора и судей было не допустить, чтобы в ходе заседаний упоминались фамилии действующих руководителей партии и правительства или говорилось о причастности ЦК к фабрикации политических дел. Некоторые вольности позволялись лишь в отношении второстепенных участников процесса. Так, прокурор Руденко потребовал для Чернова 25 лет тюрьмы, а судьи, посовещавшись, дали ему «только» 15 лет лагерей. Впрочем, это похоже на заранее запланированное милосердие, дабы продемонстрировать объективность и беспристрастность суда.
Абакумов отказался от адвоката. В начале судебного заседания он заявил: «Виновным себя не признаю. Это дело провокационное, оно сфабриковано Берией, Кобуловым и Рюминым». Остается загадкой, почему Виктор Семенович в числе главных виновников своих злоключений назвал бывшего покровителя — Богдана Кобулова. Абакумов признавал факт фальсификации «ленинградского» и других дел, но утверждал, что сам он за это ответственности не несет, поскольку действовал по прямым приказам Сталина и ЦК. В своей защитительной речи Виктор Семенович ответственность за свой арест возлагал на уже осужденных чинов МВД и МГБ: «Я заявляю, что настоящее дело против меня сфабриковано. Я заключен под стражу в результате происков Берии (на самом деле, скорее — в результате происков Маленкова, хотя основное решение принимал, конечно, Сталин. —
Недостатки у меня были, я их не скрывал. Утверждать, что я использовал такой орган, как Особое совещание, для расправы, — значит забывать о том, что я никогда не председательствовал в Особом совещании… Я считаю, что суд должен справедливо разобраться в моем деле».
На судей — председательствовавшего генерал-лейтенанта юстиции Е. Л. Зейдина и членов суда генерал-майора юстиции В. В. Сюльдина и полковника юстиции В. В. Борисоглебского речь подсудимого не произвела никакого впечатления. Это были люди, закаленные в борьбе с «врагами народа» и в штамповании таких приговоров, какие предпишет Инстанция. Последнее слово Абакумова было для них пустым звуком. Напрасно бывший министр убеждал присутствующих: «Меня оклеветали, оговорили. Я честный человек. В войну я был начальником контрразведки, последние пять лет на посту министра. Я доказал свою преданность партии и Центральному Комитету…»
За преданность партия и ЦК отплатили Абакумову и его товарищам сполна. Всем подсудимым, кроме двоих, 19 декабря 1954 года был вынесен смертный приговор. Только Чернов получил 15 лет лагерей, а Броверман — 25.