Пожизненная активность Мутулу Шакура привела к тому, что он находился под постоянным наблюдением ФБР. ФБР создало досье на Мутулу, и агенты доставляли отчёты о нём директору ФБР каждые 3 месяца с тех пор, как ему исполнилось 19 лет.[948]
Мутулу Шакур также был соучредителем и руководителем Национальной целевой группы по судебным разбирательствам и исследованиям Cointelpro.[949]
Афени Шакур, сожительница Мутулу, работала с ним над этим проектом. Активность Афени была сосредоточена на судебном процессе в Нью-Йорке, начатом широким кругом антивоенных активистов, включая Эбби Хоффмана. В этом историческом судебном процессе департамент полиции Нью-Йорка обвиняли в нарушении законных прав нью-йоркских активистов во всём: от незаконного шпионажа до убийств.[950]Спустя почти 10 лет судья согласился с большинством обвинений в иске. Ведущий юрист иска, Барбара Хандшу, помогла группе добиться наибольших ограничений на полицейскую разведку в любом городе по всей стране. Это вынудило полицию Нью-Йорка официально прекратить свою деятельность по Cointelpro.[951]
Однако в 80-х тот же судья вынес решение по более позднему делу, связанному с Мутулу Шакуром, о том, что полиция Нью-Йорка фактически продолжила свою деятельность по программе Cointelpro.[952]К 70-м Мутулу Шакур стал помощником директора клиники "Lincoln Detox" в Бронксе. Среди других, кто работал с "Lincoln Detox", были активисты "Движения за освобождение чернокожих", члены латиноамериканской версии "Пантер", "Молодые лорды" и белые активисты SDS/"Weather Underground", такие как сестра Бернардин Дорн, Дженнифер Дорн.[953]
Национальная ассоциация акупунктурной детоксикации (NADA) приписывает своё рождение клинике "Lincoln Detox" (позже переименованной в “Lincoln Recovery”). Клиника открылась после того, как группа активистов сформировала "Объединённую организацию борцов с наркотиками Бронкса", чтобы потребовать открытия отделения детоксикации от наркотиков в больнице Линкольна, в которой её не было в 1970 году. В то время работники клиники согласились с мнением наркоманов о том, что им приходится ждать до года, чтобы попасть на программы лечения в Нью-Йорке. Начав с инновационного использования метадона для детоксикации вместо поддержания, как персонал, так и наркоманы хотели внедрить немедикаментозный метод детоксикации. Примерно в конце 1973 года китайский врач опубликовал свои выводы об успехе иглоукалывания при детоксикации от опиатов, и "Lincoln Detox" начала использовать его с отличными результатами. В то время как некоторые исследования ставят под сомнение успех иглоукалывания в борьбе с зависимостью, исследования Йельского университета и ведущего британского медицинского журнала "
NADA процитировала трёх ключевых экспертов для "Lincoln Detox": Хосе Апонте, Мутулу Шакура и Ричарда Тафта, доктора медицины. NADA привела подробности, подтверждающие описание Мутулу Шакура о том, как консервативные силы вели “вялотекущую войну” против "Lincoln Detox". Медицинский директор Ричард Тафт начал получать угрозы убийством, кто-то выстрелил в него, заставив начать носить пистолет. Затем доктора Тафта нашли мёртвым. Описание NADA наводило на мысль, что его убили. Мутулу Шакур сказал, что кто-то пытался представить это как передозировку героина, чтобы дискредитировать клинику. Наркотик был обнаружен у него на коже, но не в крови. Мутулу сказал, что убийство Тафта было лишь одним из, по крайней мере, нескольких ранних убийств в тактике преследования. Мутулу сказал, что адвокат Ассаты, Стэнли Коэн, “лучший адвокат, который был у клиники и революционеров”, был найден мёртвым в том же состоянии, что и Тафт – он подвергся физическому нападению, и коронер обнаружил у него “передозировку" кокаина.[955]
Несмотря на сообщения об успехе, финансирование "Lincoln Detox" было прекращено Нью-Йорком в 1978 году. Клиника продолжала работать без финансирования. Сообщения разнятся в цифрах, но, по оценкам, 50-200 полицейских были направлены, чтобы закрыть клинику и физически выгнать Мутулу и других работников. Мутулу всё равно продолжил свою работу, основав национальную группу по акупунктуре, Консультативную ассоциацию по черной акупунктуре Северной Америки (BAAANA). Его приглашали в Китай, Зимбабве и Европу для продолжения работы. В интервью десятилетия спустя Мутулу описал многих ведущих активистов, которые принимали участие в BAAANA, но затем стали мишенью американской разведки. Например, он сказал, что Неханду Абиодун “по-прежнему преследуется законом, ФБР, ЦРУ, Интерполом. Она была сестрой, которая помогла основать BAAANA на 129-й
улице между 7-й и 8-й авеню в Гарлеме. Она была частью кадрового состава "Республики Новая Африка" и одним из первых организаторов "Нового Африканского народа”.[956]