Сами же силовые правоохранительные структуры в виде спецназа ФСБ и спецназа внутренних войск МВД проводили ликвидации бандитских и террористических формирований в самой Чечне и просочившихся групп в самой России. Успехами силовых структур было ликвидация полевых командиров боевиков, как например 19 марта 2002 года в Ножай-Юртовском районе Чечни был ликвидирован один из самых влиятельных головорезов – Хаттаб, по прозвищу «Чёрный Араб». По официальной версии, ФСБ перехватила письмо из Саудовской Аравии, после чего было вновь переадресовано террористу, после вскрытия письма Хаттаб умер (был отравлен). 12 марта 2000 года в посёлке Новогрозненский сотрудниками ФСБ был арестован известный командир – боевик Салман Радуев, к тому же главарь «армии Джохара Дудаева», и 25 декабря 2001 года был приговорен к пожизненному пребыванию в тюрьме особого режима «Белый лебедь». 28 февраля 2004 года в ущелье Чаеха (Дагестан) в случайном боевом столкновении с пограничниками (по официальной версии, неофициально – в результате перестрелки с братьями-конкурентами) убит полевой командир Руслан Гелаев. 8 марта 2005 года в чеченском селении Толстой-Юрт в ходе спецоперации ФСБ уничтожен «президент» Ичкерии Аслан Масхадов. В апреле 2004 года в Чечне спецназ ГРУ в случайном бою уничтожил лидера арабских наёмников Абу аль-Валида. В Ингушетии в ночь на 10 июля 2006 года в результате спецоперации федеральных войск и спецслужб подорвался на мине боевик – командир Шамиль Басаев – организатор теракта в Москве на Дубровке в 2002 году, вместе с ним погибли его подельники. Был ликвидирован 24 марта 2010 года Анзор Астемиров – лидер организации ваххабитов Кабардино-Балкарии (запрещённая в России). Уничтожен сотрудниками ФСБ в ходе спецоперации в с. Экажево Назрановского района Республики Ингушетия 3 марта 2010 года Саид Бурятский – русский по национальности, организатор взрыва Назрановского РОВД 17 августа 2009 года. 28 марта 2011 года в результате ракетно-бомбового авиаудара по базе боевиков был ликвидирован командир – боевик Супьян Абдуллаев (Рыжий Супьян). 17 июня 2006 года на окраине Аргуна в ходе спецоперации уничтожен «президент» Ичкерии Абдул-Халим Сайдулаев. 13 февраля 2004 года в столице Катара – в Дохе, взорван джип бывшего президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева: провели операцию двое сотрудников спецслужб России, после чего были арестованы спецслужбами данной арабской страны и приговорены к пожизненному заключению, но в декабре то гоже года они вернулись на Родину для отбытия наказания и были встречены с воинскими почестями в аэропорте «Внуково» (дальнейшая судьба прибывших героев неизвестна, скорее всего из-за секретности, что является логичной в данной обстановке).