Другие гипотезы предполагают, что эпидемии желтой лихорадки и малярии так беспокоили майя, что они должны были покинуть низменные лесные районы Юга. Но существование этих болезней в доиспанские времена не доказано.
Многие авторы выдвигали гипотезу истощения почв из-за чрезмерного многовекового применения подсечно-огневой системы земледелия. Однако и эта теория не была доказана.
Выдвигалось также предположение об интеллектуальном и художественном упадке, вызванном проникновением "экзотических" идей извне, чуждых майя религиозных верований и концепций, воспринятых правящей элитой, но порицаемых народом, который остался верным прежним божествам и обрядам. Народное недовольство могло вызвать настоящие бунты против правителей. Но идеологические перемены и духовное несогласие масс не порождают социальных беспорядков, если нет материальных условий, благоприятствующих насильственным переменам.
Без сомнения, некоторые районы центральной зоны (Петен, Усумасинта, Паленке) подвергались вторжению чужеземцев, но обычно оно не было длительным, и последствия его исчезали довольно быстро. Однако мы не сомневаемся, что нашествие извне и в некоторых случаях приход к власти групп, чуждых в культурном отношении майя, способствовали распаду майяской цивилизации в центральной зоне.
По нашему мнению, причину трагического финала этой культуры следует искать в противоречии, присущем самому обществу майя, в изначальном антагонизме отношений, существовавших между его членами, одним словом, в свойственном этому обществу способе производства.
При попытках объяснить упадок культуры майя в центральной зоне следует иметь в виду два фактора:
В течение IX в. прекратилась всякая культурная деятельность, то есть строительство церемониальных центров и возведение пирамид, храмов, дворцов, комплексов для игры в мяч и остальных построек, предназначенных для обрядов или обитания; прекратилось также установление стел и других монументов с календарными отметками, иероглифическими надписями и изображениями важных персонажей, а также производство орнаментированной керамики и предметов из нефрита, то есть всего имеющего отношение к жреческим занятиям и потребностям правящего класса.
Простое население продолжало жить в населенных пунктах центральной зоны, занимая, как и в Паленке, ритуальные постройки или ближайшие к ним участки. К приходу испанцев коренное население во многих районах было еще значительным. Как утверждает Э. Томпсон, в некоторых местах оно могло быть достаточно многочисленным и сохранять при этом централизованную авторитарную политическую организацию (Потончан и побережье Табаско, Нито, Нако и зоны, прилегающие к Гондурасскому заливу, а также Копан, зона Акалан-Тишчель, Тайясаль и берега озера Петен-Ица). В других местах, наоборот, население могло быть рассеяно в маленьких деревнях с простой организацией общинного уровня, где единственным зданием, отведенным для культа, была хижина, несколько большая, чем остальные (районы, населенные индейцами чоль, мопан, лакандонами).
Исходя из этого, можно прийти только к одному выводу: в результате социального конфликта произошло исчезновение правящей верхушки майя или же она была заменена иноземными правителями. После чего жители селений заняли церемониальные центры и обитали в них до тех пор, пока наступавшая сельва не заставила их покинуть эти места. Затем они обосновались в рассеянных поселках с замкнутой системой хозяйства и общинным типом организации. Иностранное господство могло быть свергнуто в короткое время, как в Паленке или Сейбале, или сохраняться до испанского завоевания, главным образом в прибрежных районах полуострова Юкатан от Табаско до Гондурасского залива.
Когда в конце IX-начале X в. в центральной зоне цивилизация майя испытывала кризис, а затем столь драматически прекратила свое существование, в остальных зонах она продолжала развиваться, хотя и испытывала влияние немайяской культуры. Чужеземцы стали проникать сюда с X в. На Юкатанский полуостров первые захватчики пришли, по-видимому, из района, занятого чонталями и путунами, которые населяли земли вокруг Лагуны-де-Терминос и низовья Грихальвы и Усумасинты. Их культуру можно назвать науа-майяской, так как эти народы занимали периферийное положение в области майя и пограничное по отношению к народам языковой группы науа.
Согласно Э. Томпсону, именно путунские группы, следуя по течению Усумасинты и ее притоков, принесли чуждые культурные влияния в Сейбаль, Алтар-де-Сакрифисьос и в некоторые другие в конце классического периода. При этом они подчинили район и в политическом отношении. Ица, по мнению того же автора, имевшие тоже путунекое происхождение, заняли Чичен-Ицу в 918 г., придя с восточного побережья полуострова Юкатан, которого они достигли ранее морским путем.