После того как были поданы все кассационные жалобы, и Д. Берриган должен был отправиться в тюрьму, он исчез. Пока ФБР занималось поисками, Даниэл оказался на пасхальном фестивале в Корнеллском университете, в котором преподавал. В то время как дюжина агентов ФБР выискивала Берригана в толпе, он неожиданно появился на сцене. Затем свет погас, Даниэл спрятался внутри гигантской куклы из реквизита для спектакля труппы «Брэд энд Паппет Тиэтр», а потом был погружен в грузовик и отвезен на близлежащую ферму. Берриган находился в подполье четыре месяца; он писал стихи, делал заявления, давал закрытые интервью, внезапно появлялся в какой-нибудь филадельфийской церкви, чтобы прочитать проповедь, а потом опять скрывался, ставя в тупик ФБР, — пока перехваченное неким информатором письмо не раскрыло местонахождения Даниэла, после чего он был схвачен и заключен в тюрьму.
Единственная женщина, входившая в «Кейтосвиллскую девятку», Мэри Мойлан, в прошлом монахиня, также отказалась сдаться ФБР. Ее так и не нашли. В записках из подполья она размышляла о своем опыте и рассказывала о том, как она к этому пришла: