Явно сочувствуя взбунтовавшимся крестьянам, подробно, с мрачной иронией описывает Афанасьев в «Дневнике» жуткую картину расправы в 1861 г. карательных войск над жителями деревни Масловка Воронежской губернии: «Одиннадцать человек остались убитыми, человек 60 насчитывается раненых, лица и головы их безобразно исковерканы. Во время этой свалки бабы пришли с ухватами, рогачами и проч. на пикет, поставленный у расправы, сняли его. Одному солдату прокололи брюхо. Других ранили. После того начался военный суд и наказание сквозь строй ... Губернатор получил за эти успешные меры высочайшее благоволение»[933]. Весьма сходные с имеющимися в афанасьевском дневнике сведениями корреспонденции о происходивших в России крестьянских волнениях и студенческих «беспорядках» печатались тогда в герценовском «Колоколе». Вместе с тем в «Колоколе» и в пятой книге «Полярной звезды» печатались революционные листовки и воззвания «К молодому поколению», отрывки из которых приводит Афанасьев в «Дневнике», так же как революционные песни Рылеева и Н. Бестужева («Ах, тошно мне», «Царь наш немец русский», «Уж как шел кузнец») и другие нелегальные стихотворения[934].
Все это наводит на предположение, что Афанасьев был причастен к доставке Герцену не только исторических, литературно-художественных материалов, но и сведений о современных революционных событиях. В. И. Порудоминский обратил внимание, что как раз «вскоре после возвращения Афанасьева из путешествия» в изданиях лондонской Вольной типографии появились материалы, которые прежде хранились в тетрадях и дневниках Афанасьева[935].
Придерживаясь твердых демократических воззрений, убежденный противник крепостников и «крикунов-либералов», ставших «более чем умеренными»[936], Афанасьев тяготел к Герцену, но настороженно и весьма предвзято относился к Чернышевскому. В «Дневнике», выражая свои впечатления от поездки в Петербург весной 1862 г. он отрицательно отозвался о влиянии Чернышевского на молодежь[937].
Летом 1862 г. Чернышевский был арестован и заключен в Петропавловскую крепость, а вскоре затем было возбуждено судебное преследование подозреваемых в личных связях с Герценом, и разразилась беда над Афанасьевым. Хотя учиненный на квартире Афанасьева обыск ничего предосудительного с точки зрения властей не обнаружил и они вынуждены были не привлекать его к суду по делу 32-х, обвиненных в сношениях с революционной эмиграцией, — последовали представление председателя следственной комиссии по данному делу А. Ф. Голицына на имя царя и высочайшее указание, касавшееся лично А. Н. Афанасьева. Сообщая царскую резолюцию министру иностранных дел, Голицын отметил: «... чиновник этот, т. е. Афанасьев, по месту своего служения может содействовать неблагонамеренным людям к приобретению из архива таких документов, которые без разрешения правительства открыты быть не могут. Я предоставлял это обстоятельство на высочайшее государя императора благоусмотрение и полагал обратить на оное внимание непосредственно начальства над Архивом. Его Величеству на всеподданнейшем докладе благоугодно было написать «необходимо»[938].
Согласно этой царской резолюции, Афанасьев был уволен с государственной службы, что по-разному толковалось в научной литературе. Одни утверждали причастность его к какому-то политическому делу, не раскрывая при этом, о каком деле шла речь[939], другие склонялись к тому, что Афанасьев пострадал случайно[940] и, по-видимому, по чужой вине[941], третьи объясняли его увольнение причинами, «от него независящими»[942]. П. А. Ефремов это увольнение связывал исключительно с «назойливостью» нелегально прибывшего в Россию от Герцена Кельсиева, который «нежданно-негаданно на несколько минут» появился у Афанасьева[943].
Первые 3—4 года Афанасьев не находил какой-либо постоянной работы. Он перебивался случайными заработками, которых не хватало для самого необходимого. Чтобы выйти из бедственного положения и как-то добиться для себя и семьи сносного существования, ученый решает расстаться со своим любимым детищем — обширной библиотекой, собранной в течение многих лет огромными жертвами и лишениями и теперь сложенной из-за тесноты квартиры в сарае. Вначале, как видно, он предложил продать ее целиком создаваемой в 1863 г. Де-Пуле Воронежской Публичной библиотеке, но, как пишет Де-Пуле, «предложение это не могло быть принято, по специальности библиотеки»[944]. В конце концов Афанасьев вынужден был продать ее за бесценок по частям, случайным людям.