Всё, что делалось в РОО, что приходило туда и исходило оттуда, — всё было «секретно» или «совершенно секретно». Секретными были служащие и сотрудники, и приносили они особую присягу и клялись, что никогда и никто, даже близкий родственник, не услышит от них и намёка на служебную тайну. Они не должны были даже знать друг друга и сходились лишь для деловой беседы, и лишь те, которым это было необходимо.
Увеличение штата филёров в 1907-08 годах подпитывалось и тем, что в конце 1907 года были упразднены унтер-офицерские жандармские пункты (за исключением тех, которые находились в пограничной полосе), а из жандармских унтер-офицеров были сформированы филёрские отряды.
Так, в Саратовской «охранке» было 15 штатных филёров без учета нештатных сотрудников. В списке филёров Самарского района на сентябрь 1907 года указано 20 человек. По данным С.А. Воронцова, общее число агентов НН не превышало 1000 человек на всю империю, эту цифру подтверждают и другие исследователи.
Такие нововведения, при заметном расширении штата филёров, не могли не сказаться на качестве работы службы НН, которое, безусловно, повысилось. Но до конца кадровые проблемы решены не были. Проблема нехватки опытных филеров хорошо прослеживается в переписке ДП с местными органами сыска.
Решением данного вопроса занимались на местах многие руководители политической полиции, но зачастую они не могли ни договориться со своими коллегами, ни навести маломальский порядок в своем отделении, в связи с чем им приходилось обращаться к вышестоящему начальству
Из переписки начальника Саратовского охранного отделения с начальником Самарского ГЖУ Бобровым в январе 1907 года следует, что имеющееся в штате Саратовского охранного отделения количество филёров крайне недостаточно. Начальник Саратовского «охранки» явно отклоняет все просьбы по поводу передачи даже одного филёра на службу во вновь созданное Самарское РОО.
Подполковник Бобров утверждает, что филёры Саратовского отделения обладают опытом в своем деле, и он считает полезным иметь хотя бы одного из них в своём отделении. Начальник Уфимского ГЖУ полковник Левяшин в переписке с начальником Самарского ГЖУ Бобровым от 11 апреля 1907 года жалуется на явную нехватку филёров:
«Вольнонаёмных филёров во вверенном мне районе два, оба в городе Уфе; в остальных случаях службу филеров несут переодетые унтер-офицеры и более способные из стражников, число коих в совокупности достигает в Уфе трёх, в Златоусте двух человек», при этом особое внимание обращается на то, что это уже второе обращение. Первое было 28 ноября 1906 года, и с тех пор революционная ситуация в Уфе явно усложнилась.
Начальник Вятского ГЖУ полковник Милюков 24 апреля 1907 года сообщил Боброву, что в его распоряжении находится 1 вольнонаемный филёр и 3 переодетых унтер-офицера, что явно недостаточно.
Для приобретения опытных филёров начальники РОО и ГЖУ нередко, не найдя поддержки со стороны коллег, обращались прямо в центр. О данных случаях красноречиво свидетельствует, например, переписка подполковника Пастрюли из ДП с начальником Самарского ГЖУ Бобровым в августе 1907 года о необходимости командировки к нему филёров.
Так, он сообщает о том, что к нему прибыл пристав из Уфы Ошкуро с докладом о необходимости установления там НН, однако «штат мал, необходимо в интересах дела ходатайствовать о немедленном увеличении филёрского штата». Следовательно, кадровый вопрос, касающийся филёров, к 1907 году оставался довольно болезненным во многих регионах России и в целом решён не был.
Тем не менее, в результате активной деятельности службы НН и внутренней агентуры Московский окружной комитет РСДРП в период с июня 1907 по ноябрь 1910 года подвергся разгрому 17 раз. Таким же красноречивым свидетельством эффективности проведенных преобразований явились несколько «волн» арестов в Саратове, прокатившихся по городу летом и в сентябре 1907 года.
9 августа 1910 года на основании Закона «Об организации сыскной части» Министром внутренних дел П.А. Столыпиным была утверждена «Инструкция чинам сыскных отделений», в которой были установлены структура сыскных отделений и принципы организации их деятельности. Каждое сыскное отделение состояло из 4-х структурных подразделений — столов: личного задержания, розысков, наблюдения и справочного регистрационного бюро.
Основным методом работы сыскных отделений была работа с использованием НН и негласных сотрудников. Как указывалось в Инструкции, «…отделения через своих чинов имеют систематический надзор за преступными и порочными элементами путем негласной агентуры и наружного наблюдения».