Специально подготовленная звукозапись танцевальных мелодий и одновременно организованные в нескольких местах танцы, явно показное и неестественное в минуты грозящей опасности веселье свидетельствует о том, что лидеры неформальных объединений, действуя по заранее разработанному сценарию, стремились придать митингу видимость безобидной мирной манифестации.
В 4 часа ночи 9 апреля 1989 года, как это предусматривалось планом, подразделения 4-го мотострелкового полка (МСП) медленно двинулись к Дому правительства.
Практически с первых минут движения военнослужащие десантных подразделений подверглись нападению со стороны митингующих. Еще до соприкосновения боевых порядков 4-го МСП с участниками митинга на площади перед Домом правительства от ударов камнями, бутылками и другими предметами получили телесные повреждения различной степени тяжести 6 воинов-десантников.
При проходе бронетранспортеров (4 часа 05 минут) митингующие, пропустив боевую технику по проспекту, вновь сомкнулись. Войсковые цепочки 4-го МСП после неоднократных остановок и обращений подполковника Бакланова через радиомегафон к участникам митинга с предложением покинуть проспект и предупреждением в случае отказа о применении силы в 4 часа 06 минут вошли в соприкосновение с митингующими в районе правого крыла Дома правительства, пытаясь потеснить их вдоль проспекта с помощью щитов.
Установлено, что еще 8 апреля организаторы митинга готовились к активному отпору силам правопорядка, для чего формировали группы спортсменов, физически крепких мужчин, владеющих приемами борьбы. Непосредственно перед началом операции эти лица встали в первых рядах митингующих и еще до соприкосновения с военнослужащими внутренних войск начали забрасывать их бутылками, камнями и другими предметами, а затем оказали яростное сопротивление, используя палки, металлическую арматуру, ножи, пики и т. д.
Военнослужащие продолжали медленно теснить толпу вдоль проспекта в направлении площади Республики. Сопротивление митингующих становилось все более ожесточенным. Вот свидетельства студента 4-го курса Политехнического института: «Я лично разломал скамейку у 1-й средней школы и с этим колом пошел крушить солдатские головы, правда жаль, что они были в шлемах, иначе я не одного бы послал на тот свет… Часть солдат была окружена нашими грузинскими ребятами, среди которых были спортсмены, занимающиеся каратэ, дзюдо, боксом. Эти ребята достаточно быстро расправились с солдатами. Шла драка насмерть, было пролито много крови — и нашей, и солдатской. Я подключился к этим ребятам. Сам я 10 лет занимался вольной борьбой. Ребята отнимали дубинки, ломали щиты и укладывали солдат штабелями на землю…».
Наряду с наличием у экстремистски настроенной части митингующих заранее приготовленных орудий нападения в виде металлических стержней, пик, ножей, у них имелось и огнестрельное оружие.
Продолжая преодолевать упорное сопротивление бесчинствующей толпы, личный состав 4-го МСП примерно к 4 часам 30 минутам закончил освобождение площади от митингующих. К этому времени на лестнице, площадке и газонах перед входом в Дом правительства — у левой части его фасада, где ранее возникла большая давка, — были обнаружены 16 погибших и многочисленные пострадавшие, которым немедленно оказывалась помощь милицией, военнослужащими и прибывшим персоналом «скорой помощи».
После вытеснения митингующих от Дома правительства внутренние войска, продолжая выполнение поставленной задачи, подошли к рубежу улиц Джорджиашвили и Леси Украинки. В этом районе они вновь встретили организованное и ожесточенное сопротивление большой группы мужчин-демонстрантов (от одной до нескольких тысяч человек). Помимо забрасывания боевых порядков войск камнями, бутылками и другими предметами в отношении военнослужащих были применены пики, ножи, обрезки металлических труб, бутылки с зажигательной смесью. В солдат бросали различными тяжелыми предметами из окон, с балконов и крыш жилых домов. Вследствие этого продвижение войсковых шеренг приостановилось, солдаты, защищаясь от множества летящих предметов, вынуждены были сгруппироваться и укрыться щитами. Не менее 40 военнослужащих получили телесные повреждения различной степени тяжести.
В этой исключительной ситуации, когда жизни и здоровью военнослужащих угрожала реальная опасность, генерал-майор Ефимов с целью предотвращения более тяжких последствий, в полном соответствии с Уставом боевой службы внутренних войск, отдал приказ на применение спецсредств «Черемуха».
Подполковник Бакланов по радиомегафону призвал митингующих к прекращению сопротивления и предупредил их, что в противном случае будут применены слезоточивые вещества. Однако это никаких результатов не принесло.