Многих уничтожали сразу после ареста. “Самые массовые расстрелы в оккупированной Эстонии, - сообщал Э. Я. Мартинсон, - производились в деревне Лемматси, под Тарту, у противотанкового рва, вырытого трудящимися города до его захвата гитлеровцами. Здесь находится самая крупная на эстонской земле братская могила жертв фашизма - у края противотанкового рва залпы гестаповцев оборвали 12 тысяч человеческих жизней… Свыше 15 тысяч человек расстреляли фашисты на территории бывшего Вирумааского уезда, 24 тысячи человек - на острове Сааремаа, 28500 человек - в городе Нарве, свыше 2 тысяч человек убили фашисты в песках Калеви-Лийва, около 3 тысяч убили и сожгли в Клоога”. Тысячи расстрелянных были закопаны в братских могилах в Кивиыли, Вильянди, Валга.
Массовые казни совершались и в Литве. В первые же дня после оккупации Каунаса немцы вместе с литовскими коллаборационистами стали сгонять советских военнопленных и мирных жителей в городской форт N 9. В материалах Нюрнбергского процесса говорилось: “Все, кто попадал в форт N 9, в живых не остались. Колоннами в несколько тысяч человек гитлеровцы гнали сюда женщин, детей, подростков, мужчин и стариков на расстрел и сжигание”. Лагеря смерти и места массового уничтожения существовали также в районе Алитуса, Паневежиса, Укмерге, Ново-Вильни и других местах. Только на окраине Вильнюса фашисты уничтожили около 100 тысяч человек.
В “Истории Латвийской ССР” сказано: “В целях устрашения населения гитлеровцы прибегали к таким зверским актам террора, как сожжение населенных пунктов и полное истребление их населения. Такая судьба постигла деревню Аудрини Резекненского уезда, население которой прятало красноармейцев. Узнав об этом, гитлеровцы в начале 1942 года сожгли деревню, 30 ее жителей расстреляли на рыночной площади в Резекне, остальных 179 - у Анчупанских холмов. То же произошло в январе того же года с деревней Барсуки Лудзинского уезда и позднее, осенью 1944 года, с пятью хуторами в Злекасской волости Вентспилсcкого уезда”.
В “Истории Литовской ССР” отмечалось: “За акты сопротивления и помощь советским партизанам гитлеровские оккупанты полностью сожгли деревни Ферма, Лазденай, Друшиляй, Шаркишес, Милюнай, Пирчюпяй. Жители одних деревень были расстреляны или сожжены, других - угнаны в фашистское рабство”.
Уже в первые месяцы после начала оккупации поголовному уничтожению было подвергнуто еврейское население Прибалтики. Отчитываясь перед своим берлинским начальством, бригаденфюрер СС Шталкер писал: “Мы заставляли местные антисемитские элементы организовывать погромы через несколько часов после захвата города”. В Литве вооруженные банды националистов во главе с Климантисом в ночь с 25-го на 26 июня 1941 года расправились с более чем 1500 евреями, подожгли и уничтожили несколько синагог и сожгли еврейский квартал, состоявший из более чем 60 домов. Шталкер писал: “В течение следующих ночей около 2300 евреев было обезврежено подобным же образом. Подобные же действия, только в меньшем масштабе, имели место по примеру Каунаса и в других районах Литвы, причем они также распространились на оставшихся в этих местах коммунистов”.
Преследования евреев развернулись и в Латвии. Еврейка, бежавшая в 1944 году в Швецию, вспоминала: “После вступления немецких войск в Ригу, когда еще велись бои между немцами и русскими на латвийской земле, в большинстве провинциальных городов евреи были убиты латышами… Во всех городах Латвии, где евреи были убиты, на подъездных дорогах был установлен щит с надписью: “Свободен от евреев”. Особенно прославилась своими злодеяниями против евреев “команда безопасности” под руководством рижского студента Арайса.
В Эстонии уничтожение евреев осуществлялось силами созданной оккупантами организации “Омокайтсе” (“Самооборона”) из местного населения. Правда, как сообщал Шталкер, “в Эстонии благодаря сравнительно небольшому числу евреев не представлялось возможности провоцировать погромы. Большая часть тех 4500 евреев, которые жили в Эстонии, в начале наступления на Востоке бежали вместе с отступающими войсками Красной Армии. Осталось около 2000 человек”. Вскоре, как замечал Шталкер, “арест всех евреев в возрасте старше 16 лет был закончен. Все они были казнены частями “Самообороны”.
Когда 20 января 1942 года в Берлине состоялось совещание по “окончательному решению” еврейского вопроса, то в списке стран, против каждого названия которой было указано число проживавших там евреев, после названия Эстонии стоял прочерк. Как констатировал Э. Я. Мартинсон, “выполнение плана “Котбус” - плана уничтожения евреев в “Остланде” - в части Эстонии к тому времени было уже закончено”.