«Трагедия Батурина была только началом длинного ряда трагедий, перенесенных Украиной. Террор охватил всю страну. Начались следствия и тяжелые кары на всех, кто был причастен к делу Мазепы. Ужас распространялся по городам и селам, население которых спешило засвидетельствовать перед московской властью свою лояльность: Прилуки, Лубны, Лохвица, сотни Лубенского, Миргородского, Прилуцкого полков. Петр охотно принимал многочисленные доносы. Сторонников Мазепы ждали казни, ссылки, конфискация имущества, которые распространялись и на родственников. А тех, кто писал доносы, награждали чинами, имениями, конфискованными у жертв. Глубокая деморализация охватила Украину, где каждый боялся за свою жизнь, за жизнь родных».
В ноябре 1708 года в Глухове по указанию Петра I, новым украинским гетманом был избран стародубский полковник Иван Скоропадский, правивший Гетманщиной до 1722 года. Чуть позже из сибирской ссылки возвратили Семена Палия. Во время избрания нового гетмана попыталась дискредитировать и Мазепу – с его куклы – «персоны», повешенной в Глухове, палач сорвал ордена, духовенство огласило проклятие Мазепе, в Москве его объявили изменником и провозгласили анафему. Все это произвело большое впечатление на население. Меньшую часть Украины заняли шведы, большую – Россия с новым гетманом Скоропадским. Шведская армия осталась зимовать на Украине, население повело против неё партизанскую войну, на которую шведы отвечали жестокими репрессиями, ухудшавшими их положение – украинские партизаны сократили полки Карла XII на четверть.
Иван Мазепа вел переговоры о создании антимосковской коалиции с поляками, турками, крымскими татарами, Молдавией, Валахией, Трансильванией, донскими казаками, калмыками, казанскими татарами, башкирами – все выжидали, понимая, что «дело» решат Швеция и Россия. Сам Карл XII застрял под Полтавой, пытаясь занять стратегический пункт на перекрестке дорог, но отчаянно защищавшийся город взять не смог, оставив на валах Полтавы несколько тысяч своих солдат.
Московские полки, несколько потрепанные запорожцами под Нехворощей пошли на Сечь и уничтожили её. Н. Полонская-Василенко писала: