Между тем началось судебное разбирательство по поводу дуэли между Пушкиным и Дантесом. Еще в день отпевания поэта, 1 февраля, была учреждена военно-судебная комиссия при лейб-гвардии Конном полку под председательством флигель-адъютанта полковника Бреверна. На одном из допросов, 10 февраля 1837 года, судом был задан Дантесу в числе других и вопрос о том, «в каких выражениях заключались письма, писанные вами к г-ну Пушкину или его жене, которые в письме, писанном им к нидерландскому посланнику барону Геккерну, называет дурачеством?».
Дантес отвечал: «Посылая довольно часто к г-же Пушкиной книги и театральные билеты при коротких записках, полагаю, что в числе оных находились некоторые, коих выражения могли возбудить его щекотливость как мужа, что и дало повод ему упомянуть о них в письме к барону Д. Геккерену 26 числа генваря, как дурачества мною писанные». Дав этот ответ, он тут же уточнил, что «вышепомянутые записки и билеты были мною посылаемы к г-же Пушкиной прежде, нежели я был женихом». Так нашлось подтверждение тому, что после получения мужем анонимных писем даже такое одностороннее эпистолярное сношение Натальи Николаевны с Дантесом прекратилось.
Данзасу же на заседании суда 11 февраля был задан уточняющий вопрос о причинах, «которые господина Пушкина были неудовольствием», на что тот дал следующий ответ: «Получив письма от неизвестного, в коих он виновником почитал нидерландского посланника, и узнав о распространившихся в свете нелепых слухах, касающихся до чести жены его, он в ноябре месяце вызвал на дуэль г-на поручика Геккерена, на которого публика указывала; но когда г-н Геккерен предложил жениться на свояченице Пушкина, тогда, отступив от поединка, он однакож непременным условием требовал от г-на Геккерена чтоб не было никаких сношений между двумя семействами. Не взирая на сие гг. Геккерены даже после свадьбы не переставали дерзким обхождением с женою его, с которою встречались только в свете, давать повод к усилению мнения поносительного как для его чести, так и для чести его жены».
По ходу судебного разбирательства еще не однажды всплывало имя Натальи Николаевны, но судьи, все офицеры лейб-гвардии Конного полка, люди светские, а корнет А. П. Чичерин даже родственник Пушкина, деликатно ее не тревожили. И только не принадлежавший к свету дотошный аудитор 13-го класса Маслов, состоявший при Комиссии военного суда, написал 14 февраля 1837 года рапорт, третий пункт которого касался Натальи Николаевны: «Из письма умершего подсудимого Пушкина видно, что посланник барон Геккерен, когда сын его подсудимый Геккерен по болезни был со-держан дома, говорил жене Пушкиной, что сын его умирает от любви к ней, и шептал возвратить ему его, а после уже свадьбы Геккерена, как Пушкин 27 числа генваря у графа Д. Аршиака в присутствии секунданта своего инженер подполковника Данзаса объяснил, что они, Геккерены, дерзким обхождением с женою его при встречах в публике давали повод к усилению поносительного для чести их, Пушкиных, мнения. Посему я считал бы нужным о поведении гг. Геккеренов в отношении обращения их с Пушкиной взять от нее также объяснение. Если же Комиссии военного суда неблагоугодно будет истребовать от вдовы Пушкиной по вышеизложенным предметам объяснения, то я всепокорнейше прошу, дабы за упущение своей обязанности не подвергнуться мне ответственности, рапорт сей приобщить к делу для видимости высшего начальства».
На этот рапорт отреагировал один только командующий Отдельным гвардейским корпусом генерал-адъютант К. И. Бистром, свояк Пушкина по ганнибаловской линии. В своем отношении от 11 марта он отметил, «что не спрошена по обстоятельствам, в деле значущимся, жена умершаго камергера Пушкина». Однако даже если бы судебная комиссия и решилась, вопреки этическим соображениям, потревожить вдову, то по медленности судопроизводства на это понадобилось бы несколько дней, а Наталья Николаевна через два дня после рапорта Маслова покинула Петербург, так что допрашивать было бы просто некого.