В то время как военные издавали приказы, впоследствии охарактеризованные историками как преступные (Müller R.-D., Ueberschär, 1997: 210–211), ведомство рейхсфюрера СС готовилось внести свой вклад в «войну на уничтожение». Договоренность о взаимодействии айнзацгрупп с вермахтом была достигнута. Со второй половины мая личный состав айнзацгрупп проходил подготовку в Пограничной полицейской школе под Лейпцигом, одновременно шел процесс отбора и назначения руководящего состава (Browning, 2004: 225). Для ведомства рейхсфюрера СС был крайне важен «еврейский вопрос». Во время встреч с руководящим составом айнзацгрупп глава РСХА Рейнхард Гейдрих неоднократно напоминал о роли евреев как вдохновителей большевизма. По утверждениям некоторых исследователей, именно тогда глава РСХА отдал устное распоряжение ликвидировать всех евреев, в том числе и не состоявших в партии, потому что
Официально, однако, это распоряжение оформлено не было. В изданном Гейдрихом уже после вторжения в СССР специальном приказе указывалось, что уничтожению подлежат не все евреи, а лишь
Одновременно руководству айнзацгрупп было поручено организовывать истребление евреев руками антисоветских националистов. В подписанном Гейдрихом вскоре после вторжения в СССР приказе отмечалось:
Под упомянутыми в распоряжении главы РСХА «антикоммунистическими и антиеврейскими кругами» подразумевались две связанные с германскими спецслужбами крупные антисоветские организации – Фронт литовских активистов (ЛАФ) и Организация украинских националистов. Обе эти организации, имевшие разветвленные подпольные сети на советской территории, по своей идеологии были не только антисоветскими, но и антисемитскими. По справедливому замечанию американского исследователя,