4 июня 1661 г. Ньютон приехал в Кембридж. Это событие означало крутой поворот во всей его жизни. Мерой контраста его прежней жизни с тем, что его ожидало, может служить разница между провинциальным Грантемом (не говоря уже о Вулсторпе) и блестящим Кембриджем, поистине интеллектуальным центром страны. К моменту реставрации Стюартов Кембридж превратился в оплот английского пуританства, превзойдя более древний Оксфорд как по численности населения, так и по интеллектуальному влиянию. В это время город насчитывал более 3000 жителей, причем половину составляли студенты и преподаватели университета. Кембриджский университет состоял из нескольких колледжей, из которых наиболее значительным был колледж Святой и Нераздельной Троицы, основанный Генрихом VIII в 1546 г. 5 июня 1661 г. самый знаменитый колледж, сам того не ведая принял в свое лоно самого знаменитого своего студента.
Колледж Св. Троицы или, пользуясь общепринятым названием его в нашей литературе, Тринити-колледж имел довольно сложную иерархическую структуру. В нем было около 250 студентов, 60 с лишним членов колледжа (fellows) и от 3 до 5 профессоров (Regius Professors — так назывались профессора, кафедры которых были учреждены королем). Членами колледжа были люди, уже окончившие университет и, как правило, получившие степень магистра. Студенты же подразделялись на ряд категорий соответственно своему состоянию. На вершине социальной лестницы находились члены общины, не состоящие на содержании у колледжа (fellow-commoners), т. е. очень богатые студенты, которые за высокую плату получали ряд привилегий, например право обедать за особым столом, находящимся на возвышении, и т. п. Затем шли пенсионеры (pensioners) — наиболее обширная группа студентов, состоящая из просто богатых людей. Наконец, социальное дно составляли так называемые сайзеры — просто сайзеры (sizars) и сабсайзеры (subsizars), различия между этими категориями почти не существовало. Происхождение слова «сайзер» неясно, но смысл его университетский устав передает предельно четко: «бедные студенты» — scholares pauperes, qui nominetur Sizatores. В их обязанность входило прислуживать более богатым — будить их по утрам, чистить их одежду, прислуживать за столом. Но, несмотря на свое униженное положение, может быть, именно вследствие этого, сайзеры учились лучше всех — между 1635 и 1700 гг. университет закончили 82% из числа сайзеров и только 72% пенсионеров и 49% членов общины.
Ньютон был принят сабсайзером. Почему он, будучи сыном весьма обеспеченных родителей, попал в число студентов-бедняков, непонятно. Скорее всего, здесь снова сказалась жадность его матери, которая присылала ему ежегодно 10 фунтов — большую по тем временам сумму, хотя и недостаточную, чтобы стать пенсионером. Для сравнения укажем, что после того как Ньютон в 1664 г. получил стипендию от колледжа и перестал быть сайзером, положенное ему годовое содержание едва превышало 2 фунта. Подчиненное положение Ньютона в колледже усиливало его стремление к одиночеству; в Кембридже у него не было друзей, он жил, учился и работал почти в полной изоляции, общаясь разве только лишь со своим профессором-наставником. В английских университетах и по сей день существует система персональной опеки студентов, эту роль выполняют специальные наставники, или по-английски тьюторы. Тьютором Ньютона в Кембридже был профессор греческого языка Бенджамин Пуллейн, причем отношения между учителем и учеником были довольно прохладные, если не сказать натянутые. Полагают, что причина этого состоит в том, что Ньютон считал себя более осведомленным, чем Пуллейн, в некоторых областях — в логике и, возможно, в оптике.
Формально программа Кембриджа времен Ньютона мало чем отличалась от средневековой: превалировало изучение классической филологии и Аристотеля, главным образом его логики, этики и в последнюю очередь философии. Причем изучались не первоисточники, а учебники, написанные, как правило, в том же XVII в.: логика Сандерсона, этика Евстахия, риторика Воссиуса, философия Сталя и, наконец, аристотелевская физика изучалась по книге Магируса «Перипатетическая физиология». Ньютон так и не прочел ни одной из этих книг до конца, а что касается Магируса, то, обнаружив в ней расхождения с астрономическими данными Галилея и Озу, он отложил ее в сторону и никогда к ней больше не возвращался.