В сентябре 1589 г. Кеплер поступает в Тюбингенский университет. Он давно уже мечтает о духовной карьере и с новой страстью погружается в занятия. В то время богословское образование давалось в два этапа: сначала студент должен был пройти двухгодичный курс обучения на факультете искусств, в конце которого необходимо было держать магистерский экзамен, а затем следовал трехлетний курс обучения на теологическом факультете. В университете на Кеплера особое влияние оказал Михаэль Местлин, профессор астрономии, развивавший в своих лекциях теорию Коперника. Надо отметить, правда, что Местлин, как и подобает осторожному и солидному профессору, в своем учебнике астрономии излагал общепринятую точку зрения на устройство мироздания, основывавшуюся на системе Птолемея, и лишь на лекциях осмеливался восторженно отзываться о Копернике. Но для Кеплера и этого было достаточно.
Спустя несколько лет он сам так вспоминал об этом: «Уже к тому времени, когда я внимательно следовал в Тюбингене преподаванию знаменитого Местлина, я ощутил, насколько несовершенно со многих точек зрения употребительное до сих пор представление о строении мира. Поэтому я был так сильно восхищен Коперником, о котором мой учитель очень часто говорил на лекциях, что не только очень часто защищал его взгляды в студенческих диспутах, но и сам тщательно подготовил диспут на тему, что первое движение — вращение небесной сферы неподвижных звезд проистекает от вращения Земли. При этом я исходил из приписывания Земле также и движений Солнца из физических или, если хотите, метафизических причин, как это делает Коперник, отчасти из лекций Местлина, отчасти из собственных соображений собирал все достоинства, которыми Коперник превосходит Птолемея с математической точки зрения» {7, I, с. 9}.
Кеплер получил магистерскую степень в августе 1591 г., показав выдающиеся успехи. Тюбингенский сенат отмечал, что он обладает «столь превосходным и поразительным умом, что от него следует ожидать нечто совершенно особенное».
Поступив на теологическое отделение, Кеплер проучился там около трех лет, но закончить университет ему так и не удалось. Как уже говорилось, Тюбингенский университет служил своеобразным арсеналом образованных людей для немецких протестантов. В далеком Граце умер Георг Стадиус, учитель математики в лютеранской школе, и местные власти обратились в Тюбингенский университет с просьбой о замене. Выбор сената пал на Кеплера. Для Кеплера такое решение означало крах всех его многолетних надежд. Он не мог себе представить, что дорога к карьере священника для него отныне закрыта, но тем не менее вынужден был подчиниться. Но глубокая религиозность и стремление «согласовать» науку со своим выстраданным и искренним представлением о Боге остались характерными для всей его жизни. Позднее он писал Местлину из Граца: «Я хотел стать теологом и долго пребывал в мучительном беспокойстве. Теперь я, однако, вижу, что при усердии могу прославить Бога и в астрономии» {7; 8, с. 40}.
Неблизкий путь из Тюбингена в Грац (даже по нынешним понятиям — 650 км) Кеплер проделал за три недели, с трудом раздобыв себе на проезд необходимую сумму, которая равнялась трети его будущего годового жалованья. Обстановка в Граце, столице южной австрийской провинции Штрии, резко отличалась от обстановки спокойствия и веротерпимости в Вюртемберге. В то время как на родине Кеплера католики благополучно соседствовали с протестантами, составлявшими абсолютное большинство населения, в Граце католичество было господствующей религией, и правители края жестоко притесняли протестантов. В год приезда Кеплера в Грац правителем Штирии стал эрцгерцог Фердинанд, будущий император Священной Римской империи Фердинанд II, прославившийся впоследствии своими гонениями лютеран. Вспомним, что именно появление Фердинанда на императорском престоле послужило поводом к Тридцатилетней войне. Правда, в 1594 г., когда Кеплер прибыл в Грац, эрцгерцог был еще малолетним, но это не меняло ситуацию в стране, поскольку Штирией в то время правила его мать Мария Баварская, сама ревностная католичка. Не менее разительным был контраст и в интеллектуальном отношении: после блестящего Тюбингена Грац показался Кеплеру отсталой захолустной провинцией.