Вернемся в 1938-й. После побега Орлова начались изменения в резидентуре ИНО НКВД в Испании. Новым резидентом стал Эйтингон-Наумов-Котов. Другой заместитель Орлова Наум Белкин в августе 1938 года был отозван в Москву и через полгода уволен из НКВД с формулировкой «за невозможностью использования». Григорий Сыроежкин в конце 1938 года был вызван в Москву, награжден орденом Ленина, а в феврале 1939 года арестован как польский шпион и расстрелян. Работавшая в Испании сотрудница ИНО Инна Беленькая (жена сотрудника «группы Яши» Самуила Перевозникова, сестра жены Серебрянского Полины Беленькой и Марка Беленького, бывшего эсера, заместителя наркома пищевой промышленности СССР Микояна), также как и все вышеупомянутые ее родственники, подлежала аресту, но успела покончить жизнь самоубийством.
Новому резиденту пришлось работать в тяжелой обстановке. С конца 1938 года взаимодействие советской разведки с испанскими спецслужбами пошло на убыль.
В начале 1939 года резидентура ИНО переехала из Мадрида в Барселону, ставшую прифронтовым городом. Для обеспечения надежной связи с Москвой радиостанцию резидентуры (на которой работал радист Николай Липовик) разместили в пригороде Барселоны.
Эйтингону, руководя резидентурой в конце уже проигранной войны, удалось добиться и успехов, которые особенно видны в перспективе. Он завербовал испанских троцкистов братьев Руанов, бывших анархистов, министров республиканского правительства Испании Гаодоспо Оливеро и Фредерико Амундсен и, а также Рамона Меркадера, вместе с которым впоследствии осуществит самую громкую свою операцию. Новый (и последний) руководитель резидентуры НКВД организовал переправку руководства Испанской республики и компартии в феврале 1939 года во Францию, советских специалистов в колонии Франции (а оттуда они выехали в СССР), вывоз в Москву золотого запаса Испании, насчитывавшего более полумиллиарда долларов. По воспоминаниям Судоплатова, с этим золотом были определенные сложности. В Москву пришло сообщение, что часть золотого запаса растратила сама резидентура, о чем доложили лично Сталину и Молотову, давшим указание Берии разобраться. Эйтингон ответил:
«Я не бухгалтер и не клерк. Пора Центру решить вопрос о доверии мне, а также испанским товарищам, каждый день рискующим жизнью в антифашистской войне во имя общего дела».
Ответ удовлетворил Центр, а золото было использованы для поддержки испанской эмиграции и для создания конспиративного аппарата во Франции, Мексике и странах Латинской Америки.
27 февраля 1939 года Англия и Франция признали правительство Франко и порвали дипломатические отношения с Испанской Республикой. Длившаяся два с половиной года гражданская война в Испании завершилась. Республиканская армия потеряла более 100 тысяч человек убитыми и умершими от ран, армия Франко-более 70 тысяч человек. Столько же солдат Национальной армии умерло от болезней. Можно предположить, что в республиканской армии потери от болезней были несколько меньше, поскольку по численности она уступала франкистской. Интернациональных бригад потеряли более 6,5 тысяч человек, среди советских советников и специалистов было убито, умерло от ран и пропало без вести 158 человек.
Эйтингон также перебрался во Францию. Несколько месяцев он восстанавливал то, что осталось от испанской агентурной сети НКВД. Тогда же ему удалось привлечь к сотрудничеству с советской разведкой племянника главы испанской фашистской партии Примо де Риверы, который до 1942 года был важным источником информации о планах Франко и Гитлера. Также он восстановил связь с завербованным в 1933 году в Англии советским разведчиком Арнольдом Дейчем членом «кембриджской пятерки» Гаем Берджессом (работавшим к 1938 году в английской разведке «Интеллидженс сикрет сервис»), которая была прервана в октябре 1937 года после отъезда Дейча из Лондона. «Пьер»-Эйтингон несколько раз встречался с Берджессом в Париже до марта 1939 года, когда англичанин был передан на связь легальному резиденту ИНО в Лондоне Анатолию Горскому.
За работу в Испании Эйтингон в ноябре 1937 года был награжден вторым орденом Красного Знамени. Под своим псевдонимом он упоминается в знаменитых мемуарах Ильи Эренбурга, бывшего в Испании корреспондентом «Известий», «Люди. Годы. Жизнь». Эренбург писал:
«Человека, которого звали в Испании Котовым, я остерегался — он не был ни дипломатом, ни военным».
Опубликованные в 1960-х, эти строки стали едва ли не единственным упоминанием в советской печати имени резидента нашей разведки в воюющей Испании.
Москва
Весной 1939 года Эйтингон вернулся в Москву. Вернулся некоторым образом в другую страну.