После всего случившегося Туманов покидает Петербург и вообще Россию, и вскоре гибнет, примкнув к одному из народно-освободительных восстаний на Кавказе. Софи узнает об этом от Саджун, которая проводила специальное расследование по этому поводу. В это же время Софи понимает, что ждет ребенка от Михаила. Ефим Шталь хочет завладеть вниманием Софи, но терпит сокрушительную неудачу. Чуть позже Петр Николаевич Безбородко вновь, невзирая на все обстоятельства, делает ей предложение и сообщает, что согласен признать будущего ребенка. Софи соглашается на брак.
Гриша женится на Грушеньке – бывшей проститутке и убийце.
Дуня Водовозова уезжает за границу вместе со студентом-естественником Семеном. Ее не покидает надежда отыскать Туманова.
Спустя пару лет после событий в Петербурге внимание автора и читателя вновь возвращается в Егорьевск.
На золотые прииски, принадлежащие Гордеевым-Опалинским, приезжает из Петербурга инженер Андрей Измайлов, бывший народоволец, разочаровавшийся в революционных идеалах и мечтающий о «тихой гавани».
Между тем, ни о какой «тишине» в приишимской тайге не может быть и речи. В округе вот уже несколько лет действует банда жестокого и непредсказуемого Черного Атамана – Сергея Алексеевича Дубравина. Ходят слухи о его психической болезни. Так оно и есть: Митя Опалинский, безусловно, психически нездоров. Взяв себе имя Дубравина, который отнял имя, должность и невесту у него самого, он борется со своей болезнью и мстит за свою искалеченную жизнь всем подряд, не решаясь при этом уничтожить своего врага, так как все еще влюблен в Машеньку и не хочет причинять ей горя. Его любовница, остячка Варвара, пользуясь образцом из золотого медальона, написала портрет Машеньки, который Митя хранит на своей заветной заимке.
Серж Дубравин живет в постоянном страхе перед разоблачением и напряжении, которое уже почти раздавило его. Петя пьет и радуется жизни с Элайджей – юродивой еврейкой, на которой он женился по любви после смерти отца. У них трое диких и абсолютно неразвитых детей, которые сами себя называют Лисенком, Волчонком и Зайчонком. Все дела «империи» Гордеева фактически свалились на Машенькины плечи. Сначала ей еще помогал друг отца остяк Алеша (отец Варвары), но после они разошлись во взглядах и расстались. Алеша сошелся с Верой, бывшей горничной Софи. Сначала они вместе делали дела, а потом и жить стали вместе. У Веры двое детей – Матвей и Соня. Оба ребенка – не родные ей по крови. Соню Вера усыновила в память погибшего инженера Печиноги (в некотором смысле он способствовал ее появлению на свет), а что касается Матвея, то его «подарила» Вере Софи Домогатская. Собственный ребенок Веры и инженера Печиноги умер при родах. Пользуясь тем, что Вера после тяжелых родов была без сознания, Софи подменила умершего младенца вполне живым и здоровым первенцем юродивой Элайджи. Тайну происхождения Матвея-младшего знают только Софи и приисковый фельдшер, принимавший роды у обеих женщин.
У Машеньки и Сержа один ребенок – Шурочка, слабый и болезненный.
Надя Златовратская вышла замуж за ссыльного народовольца Ипполита Коронина. Она продолжает заниматься народной и прочей медициной, закончила акушерские курсы. Ее муж фактически возглавляет некую подпольную организацию ссыльных революционеров, занимающуюся издательской и прочей деятельностью, а также устраивающую побеги политических заключенных из сибирских тюрем и с каторги. Аглая служит в училище. Она сошлась с трактирщиком Ильей, но уже несколько лет скрывает эту связь. Любочка тайком от всех переписывается с Николашей Полушкиным.
Пески на приисках истощились и вот-вот нужно принимать какое-то, касающееся их решение. Но кто будет его принимать? Рабочие волнуются, тоже гадая о будущем, в их среде циркулируют всякие слухи, еще более усиливающиеся от провокаций с разных сторон.
Полицейская, жандармская и военная (казаки) власти уезда, по прямому указанию сверху, планируют совместную, не лишенную изящества операцию. В результате ее будет уничтожена банда Черного Атамана, нелегальная сеть явок и доверенных лиц, наброшенная ссыльными революционерами едва ли не на всю Западную Сибирь, а также будут показательно выявлены и изолированы политически распропагандированные и склонные к бунту элементы на приисках. Интерес хозяев приисков: под шумок операции выработанные прииски будут закрыты без всяких волнений и материальных претензий со стороны рабочих. Им будет попросту не до того. Для успешного осуществления операции в банду и в среду политических по полицейскому и жандармскому обыкновению внедряются агенты и провокаторы.
Во всех затруднительных случаях своей жизни многие жители Егорьевска пишут письма в Петербург, Софи Домогатской. Она не отвечает никому, кроме простодушной попадьи Фани Боголюбской, которая запуталась в своей запретной любви к местному уряднику Карпу Платоновичу Загоруеву.
Вот в такую-то «тихую гавань» и приезжает инженер Измайлов. И сразу же попадает как кур в ощип.