Ховард выстроил своих солдат по кривой линии для спуска вниз, индейцы же вели себя стандартным для дикарей образом: рассыпались между скалами и деревьями, продвигаясь всё ближе и ближе к солдатам. Спустившись до почти лишенной растительности террасы, солдаты принялись окапываться. Но место оказалось невыгодным из-за отсутствия воды. С обеих сторон залегли снайперы. Было очевидно, что первую половину дня в битве не наметится никакого перелома. Солдаты и индейцы проявляли осторожность. Высоко установленные орудия не начинали обстрела из-за того, что стволы пушек смотрели слишком вверх. После некоторого времени обслуга отрыла в земле подходящие углубления, чтобы, наконец, направить жерла вниз, и начался орудийный огонь. Снаряды ложились почти в деревню.
Когда лейтенант Бэйли и скаут Франк Паркер отправились в тыл, чтобы присти недостающие боеприпасы, индейцы предприняли попытку перехватить обоз, но стремительный маневр кавалерии отогнал их.
Присутствие генерала Ховарда и его энергия, сдобренная точными распоряжениями бывалых офицеров, не позволяли солдатам расслабляться. Что же заставляло индейских бойцов действовать столь же слажено? Вместо верховного вождя, у каждого из пяти племён имелся свой вождь. При таких обстоятельствах должно быть много самодеятельности, мало организованности. Дисциплину индейских отрядов можно сравнить скорее с добровольными ополчениями, чем с регулярными армейскими частями. Но при этом каждому воину предоставлялась полная свобода действий, если он желал проявить доблесть и сообразительность.
Жёлтый Волк так рассказывал об одном из многочисленных случаев того сражения. Он вел бой вместе с группой индейцев, которыми руководил Тухулхулзот. Внезапно они обнаружили, что с трёх сторон к ним подходит кавалерия: «Наш вождь оглянулся… и велел нам отступать. Сам он хотел уйти последним. Мы ползком преодолевали отдельные участки, иногда перебежками. Пули жужжали вокруг, словно яростные пчелы… Никто не задержался, чтобы взять лошадь… И тут я словно пришел в себя: я позабыл про своего коня! И я пришел в бешенство. Я заставил храбрость вернуться в меня и поверну обратно, чтобы забрать моего коня. Много солдат стреляло в меня, но я не обращал внимания, что там было передо мной. И я забрал моего коня!» Он вспоминал позже, как его дядя поучал его: «Если мы погибнем в бою, то это прекрасно. Замечательно, когда ты можешь пасть, отстаивая свои права, защищая свою страну.»
Второй день, 12 июля
С первыми лучами солнца Ховард поставил всех своих людей в строй. С помощью мощной кавалерийской атаки Миллера и Пэрри при поддержке артиллерийской батареи Отиса и пехотинцев Родния ему удалось отбить Проткнутых Носов от горного родника. Индейские воины не смогли устоять перед столь мощным натиском синих мундиров. Они отступили и до полудня держали оборону, притаившись между камнями. В полдень в игру вступил кавалерийский резерв Джексона. Спешили к месту схватки и волонтёры МакКонвля. Всё это заметно притушило боевой пыл краснокожих. «В течение нескольких минут индейцы Жозефа ожесточенно отбивались на своих баррикадах, – вспоминал Ховард, – но всё-таки их ряды дрогнули. Сию же минуту их стали теснить по всему фронту всеми возможными силами: артиллерией, пехотой и кавалерией. Движение сделалось всеобщим. Индейцы потерпели очевидное поражение»
Отступление индейцев
Ховард рассказывал, как воины Проткнутых Носов кувыркались среди древесных стволов, как перепрыгивали через каменные глыбы и острые уступы. Река не основила их, но солдаты сочли, что она «черезчур глубока и стремительна, чтобы переходить её вброд, поэтому решили дождаться кавалеристов Пэрри. Вскоре верховые преодолели водную преграду и медленно въехали в индейский лагерь.»
Незадолго до общего отступления Проткнутых Носов с линии огня вождь Жозеф трезво оценил обстановку и решил возложить на себя обязанности защитника деревни. Жёлтый Волк рассказывал: «Женщины, не зная, что между воинами возникли разногласия, как уходить с поля боя, не получили времени на свертывание лагеря. Жозеф не успел предупредить их загодя.» Спор среди индейцев начался уже ночью 11 июля. Рычащий Орел и некоторые другие настаивали на том, что многие воины не хотели драться: «Зачем ввязываться в сражение, когда солдаты ещё не нападают на наш лагерь?» Начавшиеся ещё до боя споры (биться или не биться с солдатами, сложить ли оружие, возвратиться в Уаллоуа или же искать себе новый дом среди индейцев-Ворон (Crow Indians) в Монтане) продолжались и после битвы на Чистой Воде.