Самки обычно занимают сравнительно небольшую территорию в пресноводном водоеме, менее одного километра в диаметре, и связывают ее с любимым местом гнездования, после чего защищают от вторжения других самок. Самцы же обычно придерживаются куда более обширной территории, обязательно включающей в себя территорию нескольких самок. Они ревностно охраняют ее от других самцов, в случае необходимости вступая с ними в ожесточенные схватки, нередко заканчивающимися тяжёлыми травмами и даже гибелью одного из соперников. В территориальных конфликтах гребнистые крокодилы-самцы наносят друг другу мощные удары головой, порой с такой силой, что могут рассечь сопернику плоть и сломать кости. Территориальность и нетерпимость самцов к друг другу еще более возрастают во время сезона размножения, в то время как к самкам они, напротив, относятся очень терпимо, позволяя даже кормиться на своей добыче. Самцы, которые не способны отстоять свою территорию, вынуждены скрываться на территории других самцов, где они в итоге погибают в схватках, либо же их вытесняют в море, где они движутся вдоль побережья и поднимаются по устьям рек в поисках свободных пресноводных участков.
Охотится гребнистый крокодил, как правило, в сумерках. Используемые им методы охоты являются нечеткими и могут отличаться от таковых у других крокодилов. В отличие от, например, болотного или даже нильского крокодилов, гребнистые крокодилы, имея относительно небольшие и слабые конечности, как правило не охотятся на суше. Во время охоты на макак-резусов крокодилы были замечены при попытках сбить обезьян в воду при помощи ударов хвоста. Мелкую добычу крокодилы глотают целиком или несколькими большими кусками. Крупных наземных зверей гребнистый крокодил подстерегает у водопоя, погружённым в воду; и когда добыча оказывается поблизости, он нападает, хватает её и тащит в воду, где животному труднее сопротивляться. Настигнутую в воде крупную рыбу гребнистый крокодил, наоборот, по возможности тащит к берегу. Захваченное животное крокодил убивает при помощи «смертельного вращения» и мощных рывков головой, дезориентирующих жертву под водой и буквально разрывающих ее тело на куски. Сила гребнистого крокодила такова, что он способен раздробить челюстями череп взрослого буйвола. Когда жертва мертва, крокодил откручивает или отрывает от нее подходящие куски и глотает.
Новорожденные крокодильчики питаются небольшими рыбами, лягушками, насекомыми и другими мелкими водными беспозвоночными. Когда крокодилы достигают длины 1,2–1,4 м, мелкие беспозвоночные перестают играть важную роль в их питании, и основой рациона становится рыба, крупные беспозвоночные (моллюски и ракообразные) птицы, рептилии и мелкие млекопитающие. Среди ракообразных большие мангровые крабы наиболее часто употребляются подрастающими гребнистыми крокодилами, особенно в мангровых местообитаниях. Среди птиц добычей чаще всего становятся водные птицы, вроде уток, а среди рептилий — множество видов околоводных змей и ящериц. Иногда даже летающие птицы и летучие мыши могут быть схвачены крокодилами в прыжке над поверхностью воды. Среди млекопитающих молодые крокодилы чаще всего ловят грызунов и небольших копытных. Однако даже в этом возрасте они способны убивать животных по меньшей мере равных себе по размеру, например, домашних коз. Также они добывают макак-крабоедов, гиббонов, дикобразов, кенгуру, мангустов, шакалов, зайцев, выдр и прочих небольших животных.
Взрослые гребнистые крокодилы, даже матерые самцы, тоже не будут игнорировать мелких животных в случае, если выпадет выгодная возможность ими перекусить. Но в целом они недостаточно быстры для ловли мелкой добычи и поэтому куда в большей степени, чем молодые особи, зависимы от наличия в экосистеме крупных животных. Диета самок же по-прежнему остается достаточно разнообразной в силу их относительно небольшого размера. В рацион взрослых самцов гребнистых крокодилов в зависимости от конкретного места обитания входят олени, кабаны, тапиры, кенгуру, орангутаны, леопарды, динго, питоны, вараны, пресноводные черепахи, азиатские антилопы и даже быки. В Австралии во многих местах обитания гребнистых крокодилов крупный рогатый скот составляет весомую часть их рациона — некоторые крупные ранчо отдельно сообщают, что крокодилы съедают у них свыше 300 голов крупного рогатого скота каждый год, или же, по 1–2 коровы в день.
Взрослый самец гребнистого крокодила — это чрезвычайно мощный хищник, который в состоянии физически одолеть животное по крайней мере в три раза тяжелее себя. Взрослые буйволы и гауры, которые могут весить более тонны, условно рассматриваются как крупнейшие дикие или одичавшие сухопутные животные, что бывают убиты гребнистыми крокодилами в целях добычи пропитания. Для гребнистых крокодилов весьма обычен каннибализм, кроме того, они доминируют над любыми другими видами крокодилов, с которыми они могут встретиться в дикой природе, и по возможности даже поедают их.