На протяжении трех веков эта борьба велась против голландских колонизаторов, которые к началу XX века сумели полностью захватить огромный архипелаг. Однако 1942 г. голландцев сменили японские оккупанты. 10 января был высажен первый японский морской десант на острове Таракан, у восточного побережья Калимантана. В конце февраля японцам удалось полностью разгромить союзный англо-американо-голландский флот у острова Бавеан в Яванском море. После поражения союзного флота японские морские десанты смогли беспрепятственно произвести высадку на всем северном побережье Явы. 8 марта 1942 г. пал город Бандунг – последний оплот голландцев. Генерал-губернатор Нидерландской Индии (Индонезии) ван Старкенборгх Стахувер принял японский ультиматум о безоговорочной капитуляции. В начале марта голландские колониальные войска, общая численность, которых составляла около 100 тыс. человек, капитулировали.
Индонезия оказалась под властью японских оккупантов, установивших в стране жесткую военную диктатуру. Отряды «кэмпэйтай» (военная полиция) и войска безжалостно подавляли малейшие попытки открытого сопротивления, все партии и общественные организации были распущены. Японцы начали настоящий грабеж природных ресурсов страны, стремясь поставить экономику и трудовые ресурсы Индонезии на службу военной машины Японии.
Осенью 1943 г. японские оккупанты создали рабочие батальоны Хейхо и Добровольную армию защитников родины (ПЕТА). Эти формирования были созданы захватчиками для использования населения Индонезии на случай вторжения англо-голландских войск на архипелаг. Рабочие батальоны Хейхо были сформированы как вспомогательные трудовые подразделения японской армии и входили в состав японских вооруженных сил. ПЕТА создавалась как резерв японских сухопутных сил на архипелаге и насчитывала около 40 тыс. человек.
Японская оккупационная политика вызывала растущее недовольство индонезийского народа. Однако движение Сопротивления не имело единого центра, и было разрозненным. Одна из первых подпольных организаций под руководством Амира Шарифуддина, многие члены которой являлись коммунистами, начала активно действовать в начале оккупации. В 1943 г. при непосредственном участии нелегальной Коммунистической партии Индонезии (КПИ) была создана подпольная организация Геракан Индонесиа Мердека-Гериндом (Движение свободной Индонезии). Из других антияпонских организаций следует назвать группировку левого националиста К. Сукарни, группу С. Шарира и организацию Персатуан Махасисва (Союз студентов).
Тем не менее, работа подпольных организаций, при всей своей малочисленности и разобщенности, вносила огромный вклад в борьбу против японских захватчиков. На железнодорожном транспорте, при непосредственном участии членов КПИ, были развернуты широкие мероприятия по саботажу: срывались графики движения поездов, выводился из строя подвижной состав, расточительно расходовались запчасти, уголь, смазочные материалы и т. д. В начале 1944 г. вспыхнули крестьянские волнения на Яве в районах Индрамаю и Тасикмалайе. К середине того же года выступления охватили и другие районы острова – округа Лохбенер, Синданг, Бантене, Мадуине. Но эти выступления носили стихийный характер и не увенчались успехом.
Антияпонские выступления не ограничивались пределами Явы. На Суматре одним из районов наиболее активного сопротивления оккупантам был крайний север острова – область Аче. Здесь борьба против японцев началась еще в 1942 г. Руководители сопротивления пытались придать борьбе религиозную окраску и выдвигали лозунг «перанг сабил» («священной войны»). Наиболее известным руководителем антияпонского сопротивления в области Аче был молодой мусульманский проповедник А. Джамиль.
Активная борьба против оккупантов велась и на Молуккских островах, в ряде районов Сулавеси. К концу японской оккупации на острове Хальмахера действовал партизанский отряд во главе с Саленду, бывшим сержантом голландской армии.
В феврале 1945 г. в городе Блитаре (Восточная Ява) восстал батальона ПЕТА. Инициаторами восстания оказались младшие офицеры Муради, Суприйяди, Супарьоно и командир отделения Сунанто. Восставшие перебили японских полицейских, военных и гражданских лиц взяв город под свой полный контроль. Однако другие части ПЕТА их не поддержали. В результате восстание было подавлено превосходящими силами противника.
В мае 1945 г. восстали даякские племена во внутренних труднодоступных районах Калимантана. Японские захватчики были вынуждены отступить из внутренних районов в прибрежные укрепленные пункты. Затем волнения против японцев начались среди папуасских племен Западного Ириана.
Стоит заметить, что даже эти малоуспешные, разрозненные выступления (зачастую повстанцы были вооружены лишь бамбуковыми копьями и устаревшими голландскими винтовками) способствовали росту духа сопротивления по всей Индонезии.