Неандерталец. В поисках исчезнувших геномов

Естественно, мы обсуждали возможность привноса чужеродной ДНК. Ее уровень, насколько мы могли судить по мтДНК, посланным и Эдди, и в 454, на самом деле был совсем невысок. Занести постороннюю ДНК в вытяжки можно было только вне стен нашей лаборатории; и в статье в Nature мы особо это обговорили. Я при этом чувствовал, что единственным надежным источником информации о загрязнениях может служить только мтДНК, потому что про нее-то мы точно знали, где загрязнение, а где нет. Все остальное слишком шатко: то ли действительно сыграла роль изменчивость в ГЦ-позициях, то ли путаница с бактериальными аналогами, то ли еще что-то неизвестное. Я решил, что нужно снова взглянуть на мтДНК, которые нам прислала 454.

В 2004 году мы отсеквенировали часть мтДНК из неандертальской кости Vi-80, той самой, что дала образцы и для 454, и для Эдди. Хорошо бы эту часть сравнить с результатами, пришедшими из 454. Наверняка среди них найдутся участки, по которым наш неандерталец отличается от современных людей. И тогда можно будет вычленить фрагменты наверняка неандертальские и подсчитать их долю, а отсюда примерно прикинуть возможный уровень загрязнений в конечном продукте 454. Но, к величайшему огорчению, для таких расчетов нам не хватало данных, как выяснил Эд. В отчетах, присланных 454, содержалась всего 41 последовательность мтДНК, и из них ни одна не совпадала с теми, которые мы определили сами — и для этого конкретного неандертальца, и для других. Мы перепроверили все данные из Беркли, но ни одного кусочка мтДНК в тех скудных наборах не нашлось.

Но выход, к счастью, существовал. Мы наготовили много материала для секвенирования, поэтому можно попытаться запустить процесс еще раз и найти новые кусочки ДНК. Возможно, тогда по этим новым фрагментам мы сумеем оценить уровень загрязнений. Я связался с 454 и убедил их повторить секвенирование как можно быстрее. Они в рекордные сроки провели 6 циклов секвенирования, и, едва к нам попали результаты, Эд немедленно углядел нужные шесть кусочков, шесть наших старых знакомых из вариабельной части мтДНК, с которыми мы уже имели дело в 2004-м. Все шесть в точности соответствовали неандертальским характеристикам и не были похожи на современные человеческие! Так что в наших экстрактах было минимум загрязнений, и вот оно тому доказательство. И что интересно, эти фрагменты были сравнительно длинными, около 80 или больше нуклеотидов, хотя их древность сомнений не вызывала. Значит, и среди длинных кусочков вполне допустимы настоящие древние ДНК. Так что причиной разницы в коротких и длинных фрагментах были, по всей видимости, не загрязнения, а что-то иное. Эд был так счастлив, что в имейле с описанием результатов в конце написал: “Прямо готов расцеловать всех!”

И статью в Nature решено было оставить. Эдди и Джиму Нунану послали длинную разъяснительную записку. Ее подготовила наша коллега Сьюзан Птак, специалист по популяционной генетике. Она писала, что, на наш взгляд, разница между короткими и длинными цепочками могла появиться в силу множества разных причин, как известных, так и неизвестных, поэтому вычленить из них фактор загрязнения не представляется возможным; также объяснила, почему мы больше доверяем прямым данным по мтДНК в вопросе о загрязнениях. Там было так: “И хотя имеются косвенные свидетельства наличия загрязнений, но теперь мы получили прямую оценку уровня загрязнений в конечном продукте, и опять-таки этот уровень оказался весьма низок”. На эту записку мы не получили никакого ответа. К тому времени наши отношения стали довольно натянутыми, так что ответное молчание нас не удивило.

Вся эта история была чудовищно изматывающей. По иронии судьбы правы оказались и мы, и Эдди. Будущее показало, что в результатах 454 действительно имелись загрязнения, но при этом косвенное определение загрязнений путем сравнения длинных и коротких фрагментов ДНК не срабатывает.

Две статьи вышли в Nature и Science 16 и 17 ноября^[50]. Пресса, естественно, подняла ажиотаж, но я уже привык к медиашумихе. И вообще, мне было не до того. Я был занят. Я же обещал отсеквенировать 3 миллиарда нуклеотидов неандертальцев за два года. И в статье, в конце, так и было прописано. И перечислено, что для этого потребуется: 20 граммов кости и 6 тысяч запусков аппаратуры 454. И еще мы написали, что задача сама по себе устрашающая, но если принять во внимание прогресс в техническом оснащении секвенирования, то “нетрудно предвидеть” десятикратное ускорение в работе. Что подразумевалось под прогрессом? Снижение потерь материала при загрузке машин и кое-какие грядущие усовершенствования в самих секвенаторах, о которых по секрету сообщил мне Майкл.