Вскоре после начала дознания о беспорядках в Алексеевском равелине 28 декабря 1881 года Нечаева перевели в камеру № 1 малого коридора. Она располагалась в углу Секретного дома и примыкала к жилищу смотрителя. Там инициатор равелинских беспорядков находился под постоянным наблюдением дежурного жандармского унтер-офицера, занимавшего соседнюю камеру. Таким образом, Нечаев оказался между смотрителем и не спускавшими с его камеры глаз жандармами. Сидевшие в «отдельных покоях» большого коридора даже не догадывались о существовании узника в угловой камере малого коридора. «В этот коридор вела лверь из-под ворот равелина, — писал известный революционер Н. С. Тютчев, — и там находилось всего три камеры — № 1,2, 3; кроме уже упомянутого выхода в подворотню, из этого глухого коридора еще одна дверь вела в кабинет смотрителя Соколова; кабинет этот с большим коридором сообщался совершенно особым ходом».[896] Таким образом, Нечаева поселили буквально в жандармское логово.
В ночь с 26 на 27 марта 1882 года почти все камеры Секретного дома заполнились новыми арестантами, то были народовольцы, осужденные по «процессу 20-ти» за участие в подготовке к совершению цареубийства. Ближайшим соседом Нечаева оказался А. Д. Михайлов, занимавший камеру № З.[897] Никто из народовольцев, попавших в Секретный дом, старейшего узника не видел. После предательства Мирского и прихода в равелин смотрителя Соколова в Секретном доме установился распорядок, невыносимый для узников, резко ухудшилось питание. Из десяти народовольцев, поступивших в равелин в марте 1882 года, половина рассталась там с жизнью, не выдержав и двух лет режима, еще два человека умерли в Шлиссельбурге, куда их перевели в 1884 году, и лишь трое вышли на свободу, проведя более двадцати лет в «государевых» тюрьмах.
Нечаев, отсидевший в Секретном доме почти десять лет, измученный и обессилевший, не мог долго выдержать ужесточенного режима. Его перестали выводить на прогулки, лишили чтения. Старый служака генерал Ганецкий мстил за попавших в беду солдатиков. Комендант крепости обратился к начальству с просьбой разрешить ему уменьшить затраты на питание узника с 70 до 24 копеек в сутки, обрить ему голову и переодеть в худшую одежду. Завязать сношения с новой равелинной командой было немыслимо, да и вряд ли Нечаев делал попытки к этому. В конце июня 1882 года бывший глава «Народной расправы» обратился к Ганецкому с просьбой о приглашении к нему священника для «духовных бесед», объяснив это желанием обратиться к вере.[898] Просьба узника, утверждавшего ранее, что он атеист, удовлетворена не была. В конце лета здоровье Сергея заметно ухудшилось. Вместо священника в камере № 1 с осени 1882 года начал появляться доктор Вильмс. Даже этот прославившийся бессердечием человек обратил внимание коменданта крепости на необходимость улучшения питания Нечаева, с 8 ноября ему начали давать по кружке молока в день, но никакое улучшение питания помочь уже не могло, он угасал, все резервы организма были исчерпаны.
Нечаев провел в Секретном доме девять лет, десять месяцев и 23 дня. 21 ноября 1882 года, ровно через тринадцать лет после убийства Иванова, Ганецкий передал директору Департамента полиции В. К. Плеве следующий рапорт:
«Содержавшийся с 28 Января 1873 года в Алексеевском равелине ссыльнокаторжный преступник
Уведомляя о сем Ваше Превосходительство, имею честь просить зависящего распоряжения о принятии тела умершего Нечаева из крепости для предания земле на одном из кладбищ, присовокупляя, что для устранения огласки о существовании в Алексеевском равелине преступников, я приказал тело умершего перенести сего числа ночью, при совершенной тайне, в один из арестантских казематов Екатерининской куртины, откуда оно может быть принято командированным за ним лицом. Причем прошу уведомить меня о том, кому именно должно быть сдано тело умершего, так равно и о том, следует ли ввиду той тайны, при которой был заключен названный преступник пояснять фамилию умершего при сдаче тела».[899]
В тот же день комендант крепости отправил донесения о случившемся Александру III и новому министру внутренних дел, графу Д. А. Толстому.