Получив из Москвы телеграмму о первых результатах обыска у Успенских,[421] III отделение тут же включилось в расследование. 30 ноября обыскали петербургский книжный магазин А. А. Черкесова. Владельца магазина отправили в Екатерининскую куртину Петропавловской крепости.[422] Не понимая, «за кем Черкесова следует числить арестованным»,[423] комендант крепости три дня не объявлял ему, за что тот сидит. После нескольких допросов и резких протестов 15 февраля 1870 года его выпустили на свободу, взяв подписку о невыезде и обязательной явке к следователю.[424] За укрывательство Нечаева 5 декабря 1869 года был арестован В. И. Ковалевский. Узнав от него, что А. К. Кузнецов 23 ноября приехал в Петербург, III отделение запросило столичное градоначальство о его местонахождении и вскоре получило телеграмму:
«Колышкин — Филиппеусу. Телеграмма № 100. 2 Декабря 1869 г. отправлена 9. 33 ч., получена 9. 36 ч. пополудни. А. Кузнецов живет Невский 75 кв. 21».[425] Кузнецова арестовали 7 декабря, до этого за ним пытались следить, но он ни с кем не встречался и почти не выходил из дома.[426] В Москве срочно произвели обыск в квартире Кузнецова и его хозяйки.[427] Первым из арестованных Слезкин отправил в Петербург Скипского[428] «Все, чего я ищу. — заявил Скипский. — это приобрести деньги своим личным трудом для окончания курса в Московском Императорском Университете»,[429] далее он рассказал все, что знал. Протокол его допроса предъявили М. О. Антоновой (Волховской), сидевшей с весны 1869 года и давшей еще тогда откровенные показания. Антонова подтвердила все рассказанное Скипским,[430] и в благодарность полицейские власти выпустили ее на свободу. После допросов Скипского в III отделении еще раз рассмотрели документы, обнаруженные при обысках у Успенских, и на их основании составили список из 62 человек, подлежащих срочному аресту.[431] М. Ф. Негрескула арестовали 5 декабря 1869 года.[432] В крепости у него развилась скоротечная чахотка, 10 мая распоряжением министра юстиции его освободили по болезни под домашний арест.[433] 12 февраля 1871 гола М. Ф. Негрескул скончался у себя дома. 9 декабря 1869 года произвели обыск у Колачевского,[434] в тот же день арестовали братьев Лихутиных. Первым заболел старший брат Иван. У него обнаружили «раздражение мозга» и «устранили от всякого рода умственных занятий».[435] Министр юстиции потребовал от коменданта крепости дать арестанту «надлежащие медицинские пособия».[436] Иван поправился, а младший брат, Владимир, скончался в крепости 3 марта 1871 года от «скоротечной чахотки».[437] 29 декабря арестовали В. И. Лунина и отправили в Полицейский дом Адмиралтейской части».[438]
Дольше других не удавалось поймать Н. Н. Николаева. Он жил в Москве по чужому паспорту,[439] 15 февраля его арестовали и посадили в секретную камеру Московского тюремного замка.[440] Зная об особой роли Николаева при Нечаеве, охрану камеры, где он содержался, организовали с особой тщательностью.
Аресты производились не только по спискам, составленным на основании документов архива «Народной расправы» и показаний ее участников. К Слезкину шел поток анонимок.[441] Весной 1870 года распространился слух, будто Нечаев скрывается в Иванове, и его бросились искать в родительском доме.[442] Московские жандармы не отставали от столичных, к 1 января 1870 года почти всех участников «Народной расправы» удалось арестовать. 11 января по распоряжению Слезкина прапорщик Соколов произвел в библиотеке Черкесова новый обыск, но почти ничего не нашел. В первых числах февраля Успенский дал откровенные показания. В связи с этим в Москву прибыл судебный следователь при С.-Петербургском окружном суде для производства следствий по особо важным делам П. К. Гераков. Во главе группы полицейских чиновников он явился 10 февраля в книжный магазин Черкесова и по указанию привезенного туда Успенского, в присутствии понятых изъял из потайных мест:
«1. Письмо на полулисте почтовой бумаги, начинающееся словами: «Любезный друг, я уже послал Вам некоторые предостережения <…>». Письмо это без означения времени и писано, по объяснению Успенского, Михаилом Негрескулом.