Существуют также гипотезы абиогенного происхождения природного газа. Предполагается, что в процессе концентрации и уплотнения звездной пыли, приведшего к образованию Земли, уже первичное вещество содержало высокую концентрацию метана. При этом огромное количество метана оказалось в мантии Земли, и в течение 4,5 млрд лет ее существования эти газы с помощью различных тектонических механизмов пробивают себе путь к верхним слоям земной коры (Голд, 1986). Согласно этим данным метан в земной коре абсолютно устойчив до глубин в 30 км, а практически может существовать на глубинах до 300 км и даже 600 км. Если этот взгляд на геологию Земли верен, то глубинные резервы природного газа могут в огромное число раз превышать запасы газов биогенного происхождения. Многолетние исследования месторождений природных газов, в том числе изотопного состава углерода, который различен у метана биогенного и абиогенного происхождения, не дают решающего перевеса ни одной из этих теорий. Видимо, обе гипотезы происхождения природного газа справедливы, и различные месторождения имеют разное происхождение.
Даже при минимальных значениях потока углеводородной дегазации Земли (5 1013 г/год) за 500 млн лет к поверхности Земли могло быть вынесено 2,5 1016 т углеводородов. Это во многие тысячи раз превышает прогнозные глобальные запасы нефти (2 1011 т), газов в залежах (2 1011 т), нефтяных битумов (1 1012 т), горючих сланцев (5 1012 т) и свидетельствует о том, что нефтегазонакопление является побочным процессом на фоне глубинной углеводородной дегазации Земли. Данные о масштабах поступления углеводородных газов в атмосферу показывают, что ежегодное поступление в нее метана составляет примерно 2 трлн м3. Причем по результатам анализа изотопного состава доля биохимического метана не превышает 50–80 %, т. е. от 20 до 50 % этого потока приходится на глубинный метан, что составляет от 400 млрд м3 до 1 трлн м3/год (Валяев, 1997). Этот поток сопоставим с масштабами мировой добычи природного газа, что позволяет рассматривать его как частично возобновляемый ресурс.
В последние годы появились данные о возможности абиогенного каталитического синтеза углеводородов непосредственно в земной коре. Многие типичные горные породы являются дисперсными системами с высокоразвитыми межфазными границами, характерными для промышленных гетерогенных катализаторов, а химический состав пород нередко соответствует составу традиционных катализаторов синтеза углеводородов. Сравнение составов углеводородных смесей, искусственно синтезированных в различных условиях на металлосодержащих катализаторах и на каталитических металлооксидных системах в смеси с глинами, SiO2, Al2O3 и цеолитами с составом углеводородов природных нефтегазовых месторождений, показывает, что абиогенным неорганическим синтезом можно получать смеси углеводородов, идентичные природным. Рассматриваются два различных геохимических источника исходных газов для абиогенного синтеза углеводородов. Во-первых, возможен их синтез из восходящих глубинных потоков первичных СО, СО2 и Н2, которые входили в состав протопланетного вещества еще на стадии формирования Земли. Во-вторых, возможен абиогенный синтез углеводородов из аналогичных по составу «вторичных» газовых смесей, появившихся в результате глубинных превращений метана и воды в зонах, имеющих температуру более 800°С (Ионе и др., 2001).
Наряду с диоксидом углерода метан является одним из основных компонентов природных биохимических процессов кругооборота углерода. Попадающий в атмосферу метан составляет всего 0,5 % от полного кругооборота углерода в природе, хотя примерно половина всего количества углеводородов органического происхождения разлагается до метана анаэробной микрофлорой. Разница обусловлена деятельностью аэробных метанпоглощающих микроорганизмов, располагающихся между анаэробными отложениями, в которых происходит образование биогенного метана, и атмосферой. Есть данные, свидетельствующие о протекании и анаэробных биохимических процессов окисления метана в отложениях на морском дне с образованием диоксида углерода. То есть не исключено, что в условиях верхнего слоя осадочных пород происходит неоднократное взаимопревращение этих газов. Но в восстановительных условиях глубокозалегающих осадочных пород, где метан образует газовые залежи, метан, как самый устойчивый углеводород, может сохраняться неизменным десятки и сотни миллионов лет.