Германские органы безопасности активно работали по ликвидации агентурных сетей, подпольных организаций и партизанских отрядов на территории генерал-губернаторства и присоединенных к рейху районов Польши. Ввиду широкой оснащенности их радиоаппаратурой немцы активно использовали возможности радиоконтрразведки, которой поляки противопоставили в Варшаве довольно эффективную систему предупреждения о появлении в каком-либо из районов пеленгаторных фургонов. Судя по всему, радиовахту несли несколько прослушивавших друг друга операторов, поскольку при внезапном прекращении сеанса связи одним из них другой передатчик немедленно продолжал отправку прерванной радиограммы с того же места. Первый рейд контрразведки состоялся в сентябре 1942 года и принес весьма скромные результаты, однако уже в декабре были захвачены сразу несколько агентов-радистов и арестован руководитель радиотехнической секции командования АК. Тем не менее, деятельность остальных продолжалась, и временами в бывшей столице Польши одновременно работало до 15 нелегальных станций, постоянно менявших дислокацию и вообще уделявших значительное внимание вопросам безопасности связи. Ни один из радистов АК или разведки никогда сам не шифровал сообщения и не имел доступа к шифрам. Во многих случаях поляки использовали одностороннюю связь, то есть только принимали инструкции из Аондона и ничего не передавали, таким образом полностью исключая риск обнаружения пеленгаторами.
Стойкость любых шифров, естественно, не может являться абсолютной, и из польского радиообмена немцы черпали много сведений, хотя нередко это происходило со значительной задержкой из-за трудностей с прочтением радиограмм. Иногда криптоаналитики натыкались на весьма ценную информацию, например в 1943 году, когда за 3 месяца до начала германского наступления в районе Орла выяснилось, что сведения о планах верховного командования вермахта (ОКБ) стали известны противнику. Абвер и гестапо немедленно начали расследование в поисках источника утечки информации, однако смогли выяснить лишь то, что он находился в ближайшем окружении Гитлера и имел доступ к информации о вскрытии немцами ряда иностранных дипломатических и военных шифров. Личность этого человека так и осталась неизвестной.
Радиоконтрразведка (функабвер) засекла множество нелегальных передатчиков, относившихся к сетям разведки VI отдела польского главного штаба в различных странах. В июне 1943 года она отслеживала 5 станций лондонского центра, поддерживавших связь с Францией (6 линий), Швейцарией (3 линии), Польшей (15 линий), Венгрией (2 линии), Турцией (2 линии), а также с Румынией, Ираком, Италией, Египтом, Ираном, Палестиной и Алжиром (по 1 линии). Часть из них были установлены и ликвидированы. Например, в 1943 году провалились двое поляков из аппарата военного атташе Японии в Бухаресте, использовавшие его передатчик и имевшие две собственные резервные станции. С согласия ВАТ местная контрразведка обыскала помещения его бюро и обнаружила одну из раций внутри большого радиоприемника. Руководителем арестованных разведчиков оказался подчинявшийся стамбульской резидентуре VI отдела майор Землянский. Для связи “втемную” использовались румынские дипломатические курьеры, курсировавшие между Бухарестом и Стамбулом, где размещалось генеральное консульство Румынии.