Некоторые из историй о мошенничестве писались не журналистами, а такими учеными мужами, как Уильям X. Холмс из Смитсоновского института. Во время своей поездки в округ Калаверас Холмс собрал свидетельства некоторых людей, знавших г-на Скрибнера и д-ра Джонса. И по их рассказам выходило, что осмотренный Уитни череп на самом деле мог и не быть находкой, относящейся к третичной эпохе. Но проблема с версиями о подлоге одна – таких версий слишком много. По некоторым из них выходило, что верующие горняки специально заложили череп, чтобы ввести ученого Уитни в заблуждение. Другие утверждали, что горнорабочие подложили череп, чтобы разыграть одного из своих товарищей. Третьи же говорили, что настоящий череп был действительно найден Маттисоном, но Уитни получил и исследовал совершенно другой образец. В свою очередь четвертые утверждали, что друзья Маттисона из соседнего городка подсунули ему череп в шутку. Все эти противоречивые предположения безосновательны и вызывают большие сомнения в том, что мошенничество действительно имело место.
Вернувшись из округа Калаверас, Холмс обследовал известный череп в Пибодском музее в Кембридже (штат Массачусетс), где тот в то время находился. Он пришел к выводу, что «череп никогда не подвергался воздействию рек, которые текли в третичную эпоху, что он не происходил из древних гравиев шахты Маттисона и никоим образом не является черепом человека третичного периода». Некоторые заявления в поддержку этого высказывания исходят от людей, которые обследовали галечную материнскую породу и почву, в которой был обнаружен калаверасский череп. Д-р Ф. У. Патнэм из Пибодского музея естественной истории Гарвардского университета заявил, что на черепе не наблюдается каких-либо следов находящегося в шахте гравия. Уильям Дж. Синклер из Калифорнийского университета, проведя изучение черепа, заявил, что на нем нет следов золотоносного гравия из шахты. Он счел, что на нем были следы материала из пещер, в которых индейцы иногда оставляют усопших соплеменников.
С другой стороны, Холмс сообщал: «Д-р Д. X. Долл (D. Н. Dall), находясь в Сан-Франциско в 1866 году, сделал сравнительный анализ материала, приставшего к черепу, и гравия из известной шахты, в результате чего подтвердилась их идентичность по основным параметрам». В статье, опубликованной в 1882 году в журнале
Говоря о черепе, Айрес отметил: «Утверждают, что это череп недавно умершего человека, который покрылся коркой, пролежав в земле в течение нескольких лет. Однако этого не утверждает ни один человек из тех, кто знает данный район. Гравий никак не может способствовать образованию подобного покрытия. …Черепные полости были заполнены затвердевшим песчаным материалом. Это могло произойти лишь тогда, когда этот материал находился в полужидком состоянии, чего не было со времен отложения первых слоев гравия».
В своем первоначальном описании ископаемого черепа из Калаверасса Уитни отметил большую степень его минерализации. Все это естественным образом согласуется с его огромным возрастом. Однако, как указывал Холмс, так же справедливо и то, что процесс минерализации кости может занять как несколько веков, так и несколько тысячелетий. В дополнение к этому геолог Джордж Бекер в 1891 году заявил: «На мой взгляд, многие специалисты получили убедительные доказательства аутентичности черепа из округа Калаверас. Г-да Кларенс Кинг, О. К. Марш (О. С. Marsh), Ф. У. Патнэм и Д. X. Долл убедили меня в том, что данный череп был найден