Однако на эту должность Грищенко так и не назначили. Почему? Это одна из многих тайн, окружающих и по сей день судьбу выдающегося подводника. Зато состоялось другое назначение. Приказом наркома Кузнецова в феврале 1943 года Грищенко был назначен старшим офицером отдела подводного плавания Балтийского флота. Должность весьма почетная и важная, но, увы, самая что ни на есть береговая. Почему надо было убирать опытнейшего командира корабля, остается неясным. Разумеется, что каким-то образом объяснить такое назначение вроде бы можно: кому, как не ему, командиру с академическим образованием и огромным боевым опытом, заниматься планированием подводных операций? Все это так, но ведь в то время не менее острым был и дефицит командиров такого уровня, как Петр Грищенко, который к тому же и сам не хотел покидать подплав. И если им так дорожило командование флота, как специалистом по организации и планированию подводной войны, то как объяснить тот факт, что буквально в сентябре того же года капитан 2-го ранга Грищенко был вообще переведен служить в разведотдел штаба флота, в котором и пробыл до самого конца войны. И это при том, что ни единого нарекания на него со стороны начальства не отмечают ни ветераны, служившие в то время бок о бок с командиром «Фрунзевца», ни скупые строки официальных документов. В том числе и личного дела Грищенко. Наоборот, все отзывы и все служебные характеристики самые прекрасные. Кому же и зачем надо было убирать в самый разгар боевых действий с действующего корабля самого талантливого из командиров-подводников, лишив тем самым наш флот еще не одной победы…
Командира убрали с подводной лодки перед самым присвоением ей звания гвардейской. Бескозырки с георгиевскими лентами матросы «Фрунзевца» наденут в марте 1943 года, буквально спустя две недели после ухода своего командира. На мостике гвардейского минзага Грищенко сменил воспитанный им капитан-лейтенант В. Коновалов. В дальнейшем он трижды выведет «Фрунзевец» в боевые походы, потопит десять и повредит один транспорт. Станет Героем Советского Союза.
Спустя много лет окажется известен окончательный итог уничтоженных неприятельских кораблей и судов в бытность командования Л-3 Грищенко. Он более впечатляет, даже если сравнивать его с безумными тоннажами атлантических побед немецких подводников, ведь условия, в которых сражался и побеждал Грищенко, не идут ни в какое сравнение с самым настоящим избиением беззащитных транспортов в первые годы войны командованием лодок Дёница: 18 уничтоженных неприятельских вымпелов, более 65 тысяч тонн, отправленных на морское дно, — этого рекорда не удалось больше повторить ни одному из отечественных подводных асов Великой Отечественной…
Но награждать Грищенко за этот подвиг почему-то не торопились. Более того, сразу же после войны его начали активно вытеснять с действующего флота. Кто? Да те, кто всю войну просидел на береговых должностях, а с наступлением мирных дней стал делать служебную карьеру, расталкивая локтями боевых, но неспособных к интригам офицеров. Увы, наш флот здесь не исключение. Так было, к сожалению, везде и всегда. К чести Грищенко, он не опустил руки. Отстраненный от действующего флота, он начинает серьезно заниматься наукой, анализируя тактику действий подводных лодок во Второй мировой войне и вырабатывая рекомендации для подводников нового поколения, защищает диссертацию. Затем были годы преподавания в военно-морских училищах. Шло время, и новые руководители отечественного флота старались не особенно часто вспоминать прославленного подводника.
Правда, периодически флотскую общественность будоражили документы некоторых непосредственных начальников Грищенко:
«… 1. Достоин выдвижения на должность начальника военно-морского училища.
2. Достоин присвоения звания контр-адмирала.
3. В целях справедливости… считаю необходимым возбудить ходатайство перед ГК ВМФ о представлении товарища Грищенко к званию Героя Советского Союза… Заместитель начальника ЛВИМУ имени адмирала СО. Макарова, капитан 1-го ранга Недоедаев…»
Но все робкие попытки восстановить справедливость не приводили абсолютно ни к чему. Кому и когда перешел дорогу Грищенко, не ясно до сих пор. Среди ветеранов подводного флота до сегодняшнего дня ходят слухи о том, что якобы на одном из вечеров отдыха только что вернувшийся из боевого похода Грищенко увел первую красавицу Кронштадта из-под самого носа у одного из балтийских адмиралов, и тот, взбешенный, самолично порвал уже подписанное представление к званию Героя Советского Союза на командира Л-3…