В конце апреля-начале мая 1916 года в Киеве состоялся 2-й съезд Союза Чешско-Словацких обществ в России. В нем приняли участие 70 делегатов от 19 обществ. Он проходил в здании Городской Думы под девизом: «Только военное сопротивление приведет к цели чехословацкой самостоятельности!» Приветствия съезду направили министр внешней политики С.Д. Сазонов и председатель Государственной Думы М.В. Родзянко. Председателем съезда избрали Й. Йинджишка, а заместителями В. Швиговского, Й. Оршага, Б. Миллера и О. Червены, секретарем Ф. Дисмаса. В ходе съезда выявились серьезные трения между Киевским и Петроградским центрами чехословацкого движения. Дополнительное напряжение в отношения двух центров внесло выступление панслависткой группы С. Коничека-Горского. Перевес оказался на стороне киевлян, и местом расположения Правления Союза стал Киев, а лидером – Вячеслав Вондрак. Его заместителями стали Й. Оршаг, Г.И. Йиндржишек и Л. Тучек, а секретарем Я. Вольф. На съезде было заявлено о необходимости «всеобщего обязательного военного налога» для всех чехов и словаков, работающих в России, включая военнопленных. Налогами облагалась также земля, недвижимость, промышленные предприятия, капиталы. Целью борьбы было провозглашено создание Чешско-Словацкого государства, основанного на равноправии двух народов. До конца не решенным оставался вопрос об освобождении военнопленных. На съезде ставилась задача создания самостоятельного войска на основе Чехословацкой бригады и освобождение пленных для пополнения воинских частей и работы на оборонных предприятиях. В 1916 году в Киеве возобновили издание еженедельника «Чехословак» в качестве органа СЧСО, с сентября 1916 его редактором стал словацкий писатель и поэт Я. Есенский. Он вместе с Й. Грегор-Тайовским стал издавать и приложение к еженедельнику «Словацкие голоса», с мая 1917 года ставшее самостоятельным изданием.
Прибывшие в Россию летом 1916 года члены масариковского Чехословацкого национального совета (ЧСНС) в Париже Й. Дюрих, а затем М.Р. Штефаник достигли компромисса, подписав так называемый Киевский протокол. Подписи под документом поставили также председатель и секретарь Союза Чешско-словацких обществ в России В. Вондрак и Я. Вольф, а также делегат от Словацкой Лиги в Америке Г. Кошик. Согласно этому документу признавалась руководящая роль ЧСНС как единого политического представительства чехов и словаков за границей. Однако компромисс оказался временным. В конце 1916 года российский МИД попытался создать альтернативный масариковскому центр чехословацкого национального движения во главе с Й. Дюрихом, т. н. Чешско-Словацкий национальный совет в России, а Дюрих за свою деятельность был исключен из состава ЧСНС. Февральская революция в России помешала развернуть работу этого органа.
В 1916 году отношения между чехами и словаками в будущем государстве продолжали активно обсуждаться, и в октябре 1916 в Киеве было подготовлено программное заявление словацких политических представителей в России под названием «Наша цель». Одним из подписавших документ был Йозеф Мирослав Оршаг.
В апреле-мае 1917 года в Киевском университете св. Владимира и Коммерческом институте прошел 3-й съезд Союза чешско-словацких обществ в России, на котором преобладали делегаты от войска (141) и военнопленных (86). Чешские и словацкие колонисты составляли на съезде меньшинство (55). На нем ЧСНС был признан высшим органом освободительного движения и принято решение об учреждении его Отделения для России в составе 30 человек. В одной из резолюций съезда разделялись компетенции Союза чешско-словацких обществ и вновь созданного Отделения ЧСНС для России (ОЧСНС). В Киеве стали действовать две комиссии ОЧСНС военная и по делам пленных. Правление Союза было переведено в Петроград. Его возглавил В. Гирса, который одновременно являлся членом ОЧСНС. В введении Союза оставались «гражданские дела» чешских и словацких колонистов, проживавших в России еще до войны, а вопросы формирования чехословацких воинских частей, военнопленных, финансов, информации и пропаганды передавались Отделению ЧСНС. С этого времени деятельность Союза, хотя и продолжалась, но носила уже достаточно ограниченный характер.
Обобщая вышесказанное, хотелось бы подчеркнуть большую роль, во многом недооцененную, Союза чешско-словацких обществ в России в первые два с половиной года войны. Именно ему принадлежит заслуга в создании Чешской дружины и ее дальнейшем развертывании, сборе средств на дело национально-освободительного движения, выработке и обсуждении идей самостоятельного государства чехов и словаков, а также поддержании связей с российскими государственными и военными органами.