Новая железнодорожная магистраль, соединившись с Транссибирской, имела один серьезный недостаток. Единая трасса, связывавшая Порт-Артур с Россией, получила 160-километровый разрыв в районе озера Байкал. Перевозка по нему железнодорожных вагонов осуществлялась двумя паромами-ледоколами. В зимнюю стужу рельсовый путь прокладывался прямо по байкальскому льду. Участок вокруг южной части озера Байкал решили не строить из-за высокой стоимости и сэкономили на этом 25 миллионов рублей.
Для эксплуатации железнодорожной магистрали было создано Общество КВЖД. Оно имело свой флаг: наполовину китайский, наполовину русский. На одной половине были изображены солнце и дракон, на другой – российский бело-сине-красный треугольник.
В эти годы экономическое положение Китайской империи, резко ослабленной в результате проигранной войны и выплаты огромной контрибуции, было достаточно сложным. Только за три года пекинское правительство выдало 19 железнодорожных концессий. Начался скрытый раздел Китая между европейскими державами. В ноябре 1897 года Германия захватила порт Циндао (Киаочао). Захват был осуществлен с ведома Санкт-Петербурга.
Одновременно Россия разрешила проблему незамерзающей военно-морской базы, что было настоятельной необходимостью в военном противостоянии с Японией. В декабре 1897 года русская эскадра вошла в Порт-Артур. Переговоры о его занятии велись одновременно в Пекине (на дипломатическом уровне) и в самом Порт-Артуре. Здесь командующий эскадрой Тихого океана контр-адмирал Дубасов под «прикрытием» 12-дюймовых орудий броненосцев «Сисой Великий» и «Наварин» и пушек крейсера 1-го ранга «Россия» провел непродолжительные переговоры с начальством местного крепостного гарнизона генералами Сун Цином и Ма Юйкунем.
Дубасов проблему высадки русских войск в Порт-Артуре и уход оттуда китайского гарнизона решил быстро. После раздачи взяток мелким чиновникам генерал Сун Цин получил 100 тыс. рублей, а генерал Ма Юйкунь – 50 тысяч (не ассигнациями, разумеется, а золотой и серебряной монетой). После этого местный 20-тысячный гарнизон покину л крепость менее чем за сутки, оставив русским 59 пушек вместе с боеприпасами. Часть из них потом будет использована для обороны Порт-Артура.
С прибывшего из Владивостока парохода Добровольного флота «Саратов» на берег сошли первые русские воинские части. Это были две сотни забайкальских казаков, дивизион полевой артиллерии и команда крепостной артиллерии.
Всероссийский император Николай II по такому случаю издал следующий приказ:
«Государь Император объявляет Высочайшую благодарность Командующему эскадрою в Тихом океане вице-адмиралу Дубасову и Монаршее благоволение – всем чинам вверенной ему эскадры и сухопутного отряда за отличное выполнение возложенных на него поручений по занятию Порт-Артура и Таллиенвана».
В марте 1898 года с Китаем был подписан договор об условиях аренды на 25 лет южной части Ляодунского полуострова (так называемой Квантунской области) с портами и прилегающими островами. Порт-Артур превратился в главную военную базу русской Тихоокеанской эскадры, а соседний порт Дальний объявлялся открытым коммерческим портом. К нему подходила ветка от КВЖД.
Скрытый раздел Китая получил новое развитие. Великобритания компенсировала усиление России захватом Вейхайвея и установлением своего контроля над бассейном реки Янцзы. Лондон добился от Пекина 99-летней аренды значительной части полуострова Цзюлун (район современного города Сянгана), расположенного на материке напротив британской островной колонии Гонконг на юге Китая.
Франция получила морскую базу и железнодорожные концессии в приграничных с французским Индокитаем китайских провинциях. Париж, по примеру европейских держав, добивается получения в аренду побережья Гуанчжоуваньского залива близ острова Хайнань.
Германия заняла своими войсками Циндао (на Желтом море) и начала строить крупную военно-морскую базу и крепость (в самом начале Первой мировой войны ее силой оружия захватят японцы).
Приобретение Квантуна с Порт-Артуром и портом Дальний российская общественность встретила с известной долей одобрения и понимания. Участник русско-японской войны 1904 – 1905 годов контр-адмирал Д.В. Никитин писал: