Действительно, такой прогноз оправдался в самые ближайшие дни. Уже на следующий день был наполовину уменьшен состав гарнизона форта № II. Это было сделано под предлогом того, что японские саперы прекратили здесь работы по сооружению минной галереи и ожидался взрыв. Из 275 человек, составлявших гарнизон форта, в нем осталось всего 77 человек. Казалось, что новый начальник сухопутной обороны жалеет людей, которые могли погибнуть от взрыва, а объективно он разоружал форт, который теперь мог стать легкой добычей противника.
5 декабря японцы взорвали в 13.10 под бруствером форта три мощные мины. Бруствер был разрушен, через него образовался проход. Японцы, открыв сильный огонь по соседним укреплениям и окопам вблизи форта, начали его штурм. Гарнизон форта № II отбивался до 23 часов, но к ночи стало ясно, что полуразрушенный форт горстке людей не удержать – в живых оставался только 21 человек.
Последние защитники форта № II были отведены в Куропаткинский люнет. Перед уходом они сняли замки с орудий и после себя взорвали мины, заложенные в каземате.
Японцы, заняв развалины форта № II, развивать дальше успех не стали. Генерал-полковник Ноги и командиры его дивизий окончательно примирились с мыслью, что любое укрепление осаждаемой русской крепости следует сначала взрывать подведенными под землей минами, а только потом брать его штурмом. Или, иначе говоря, командующий осадной 3-й армии решил овладеть Порт-Артурской крепостью по частям.
Неприятельские саперы начали подкапываться под бруствер форта № III и укрепления № 3. Их параллели почти вплотную приблизились к Китайской стенке, Куропаткинскому люнету и литерной батарее «Б». Одновременно по крепости, по ее фортам и укреплениям, городу японская артиллерия продолжала методично вести огонь. Теперь неприятель максимально приблизил к Порт-Артуру осадные батареи.
Через десять дней после гибели форта № II японцы проделали то же самое и с фортом № III. В подведенные под его бруствер минные галереи их саперы заложили 12 зарядов (свыше 6 тонн взрывчатки). Сильный взрыв поднял в воздух огромный столб земли, камней и обломков, в бруствере образовалось две воронки диаметром в 10 – 12 метров. От сотрясения оказались разрушенными многие блиндажи, казармы, казематы, в форту вспыхнул пожар.
На момент взрыва гарнизон форта состоял из 240 человек: часть из них погибла, часть оказалась под обломками, часть получила отравление газами. Поэтому японская пехота смогла ворваться внутрь форта, почти не встретив сопротивления его деморализованных взрывом защитников. Остатки гарнизона форта, получив в подкрепление стрелковую роту и полуроту моряков с броненосца «Севастополь», организовали оборону во дворике укрепления, на батарее, а затем в одной из казарм.
Японцы в бою за форт № III потеряли около тысячи человек пехотинцев убитыми и ранеными, но захватить его полностью к ночи так и не смогли. Комендант форта капитан Булгаков начал готовить контратаку, но неожиданно от генерал-лейтенанта А.М. Стесселя пришел приказ: форт оставить. Защитники его, сняв замки с орудий, унося раненых, отошли в соседние укрепления.
С падением фортов № II и № III оборона Порт-Артурской крепости оказалась по существу взломанной, поскольку японская осадная армия сумело вклиниться в линию крепостных укреплений. Но и в таком случае Порт-Артур был способен держаться. Еще имелись людские силы, не иссяк запас провианта и боевых припасов. А самое главное, не угасло мужество защитников русской крепости, о чем неприятелю было доподлинно известно.
Для обсуждения сложившегося положения был созван Совет обороны. Из 22 его участников 19 высказалось за безусловное продолжение активной обороны, за сковывание возможно больших сил противника на еще имеющихся укреплениях. Лишь полковник В.А. Рейс – начальник штаба Квантунского укрепленного района – прямо заявил о том, что дальнейшая оборона бессмысленна и необходимо как можно скорее начать переговоры с японским командованием о сдаче крепости. По сути дела, Рейс выразил мнение своего прямого начальника Стесселя.
При таком общем мнении председательствовавший на Совете обороны генерал-лейтенант А.М. Стессель, подводя итоги заседания, присоединился к мнению большинства генералов и старших офицеров о необходимости дальнейшего продолжения обороны Порт-Артура. На следующий день Стессель отправил на парусной шлюпке посыльного в Чифу, чтобы оттуда отправить телеграмму в Санкт-Петербург. В телеграмме на имя императора Николая II говорилось:
«Сегодня в 10-м часу утра японцы произвели взрыв бруствера форта № III… По занятии этого форта японцы делаются хозяевами всего Северо-Восточного фронта, и крепость продержится лишь несколько дней. Приму меры, чтобы не допустить резни на улицах. Цинга очень валит гарнизон. У меня под ружьем 10 – 11 тысяч, и они нездоровые…»