Уже весной 1969 года стало ясно, что в ЦК КПСС было принято решение о частичной или полной реабилитации Сталина. Об этом говорили вызывающие публикации в журнале «Коммунист» и доклады на совещаниях идеологических работников. Существовал даже своеобразный «график» такой ресталинизации, который предусматривал разгон редакционной коллегии «Нового мира» и публикацию новых апологетических материалов о Сталине, приуроченных к 90-летию со дня его рождения. Из чувства опасности и из чувства протеста я подготовил новый, более полный вариант своей книги и отправил микрофильм с текстом книги на Запад. У каждого из нас на этот счет имелись свои падежные каналы связи. Сегодня я могу рассказать, что мои связи осуществлялись через круги, близкие к руководству Австрийской коммунистической партии. Я поддерживал постоянные связи с австрийским левым журналом «Тагебух» и руководителями Общества советско-австрийской дружбы. Здесь были живы еще методы и традиции нелегальных организаций Коминтерна.
Из Австрии мои работы попадали во Францию к румынскому левому социалисту Георгу Хаупту, а от него или в социал-демократический фонд им. Герцена в Амстердам, или к профессору Давиду Журавскому в США. И Георг Хаупт, и Давид Журавский совместно являлись моими доверенными лицами, от их имени заключались до 1975 года все мои договора с западными издательствами. Насколько я знаю, ни в то время, ни позднее КГБ ничего не знал об этом «маршруте».
Какую-то личную и отнюдь не враждебную заинтересованность Андропова в моей работе я ощущал в 1969 году. Это были, конечно, очень косвенные, но важные для меня сигналы. Опасаясь обысков, я держал копии некоторых важных для меня материалов у других людей, связь с которыми была лишь эпизодичной. Так, например, в 1969 году меня пригласил к себе мой старый студенческий товарищ Юрий Красин, работавший в аппарате ЦК КПСС в качестве консультанта секретаря ЦК Бориса Пономарева. Как бы мимоходом он сказал мне, сославшись на Георгия Арбатова, что моя большая рукопись и некоторые другие материалы попали в руки Ленинградского управления КГБ во время одного из обысков в Ленинграде. Я сразу понял, что эти сведения Арбатов мог получить только от Андропова и что речь могла идти лишь о моем друге Игоре Николаеве, доценте кафедры философии одного из ленинградских институтов, который хранил у себя копии некоторых моих материалов. Уже на следующий день я узнал, что Николаев был арестован по доносам студентов и что все его бумаги и часть книг были изъяты, включая и собрание сочинений Ленина, так как на полях некоторых работ карандашом были проставлены не слишком лестные заметки. В некоторых отношениях ленинградские власти проводили свою более жесткую, чем в Москве, политику, и московские власти были вынуждены считаться с этой «автономией». Другой пример был связан с моим исключением из КПСС. При обсуждении моей апелляции на горкоме партии один из членов бюро весьма решительно заявил, что если я буду продолжать свои «вредные изыскания» по истории, то ко мне будут приняты более действенные меры. Это была явная угроза. Вскоре, однако, в институт, где я работал, пришел бывший парторг Министерства просвещения и главный редактор одного из педагогических журналов. Он не скрывал своих связей в «инстанциях». При внешне доверительной беседе он заверил меня, что исключение из партии не отразится на моем служебном положении, но лишь в том случае, если я не буду издавать своей книги за границей. «Но мне угрожали арестом», — сказал я, имея в виду заседание горкома партии. «Горкомы не арестовывают», — с какой-то озлобленностью ответил мой собеседник. Я же думал, напротив, что только публикация моей книги на Западе будет для меня надежной защитой. Однако главным мотивом для такой публикации являлась медленно продолжавшаяся политика реабилитации Сталина.
Еще в 1969 году в США Издательством Колумбийского университета была опубликована книга Жореса «Подъем и падение Лысенко». Это была расширенная и дополненная версия рукописи 1962–1964 гг. Продолжая свою научно-публицистическую деятельность, Жорес подготовил две книги — «Международное сотрудничество ученых» и «Тайна переписки охраняется законом». Обе книги содержали убедительный и яркий материал о том, как ограничение сотрудничества ученых всех стран и жесткий контроль за их перепиской мешают развитию советской науки. Эти рукописи получили распространение в Самиздате и вызвали явное раздражение власть имущих. Жорес еще в конце 1969 года был уволен из Обнинского института медицинской радиологии. Теперь было принято решение обрушить на него новые репрессии.