11 апреля 2003 года Ан-12БП (RA — 12981) авиакомпании «Заполярье» совершил неудачную посадку на острове Средний (архипелаг Северная Земля). Комиссия Межгосударственного авиационного комитета завершила расследование авиационного происшествия 9 июня 2003 г. Выяснилось, что при выполнении транспортного полета по авиационному обеспечению дрейфующей станции «Северный полюс-32» посадка самолета вне ВПП произошла из-за плохого обеспечения данного полета и выполнения экипажем захода на посадку при метеоусловиях ниже минимума аэродрома.
Последняя трагедия с Ан-12 имела место в воскресенье 29 июля 2007 года. Самолет грузовой авиакомпании «Атран» (опознавательный знак RA — 93912, заводской № 4341709, выпущен в 1964 г.), взлетавший на рассвете, ревом своих двигателей всполошил пернатых, расположившихся в своих гнездах недалеко от аэропорта. Уклониться от столкновения с птицами самолету, находившемуся на высоте около 300 метров и «не набравшему» нужную скорость, было проблематично, и один за другим замолчали двигатели на правом полукрыле.
Ан-12БП, совершавший рейс в Комсомольск-на-Амуре с промежуточной посадкой в Омске, спустя четыре минуты упал в четырех километрах от взлетно-посадочной полосы между деревней Семиврага и Домодедовским кладбищем. Заправленный топливом (15 500 кг) самолет после падения загорелся. На борту находилось 9430 кг груза и восемь человек, включая семь членов экипажа: командира корабля И. Золотова, второго пилота Чернышева, штурмана Коробкова, бортмеханика Полякова, бортрадиста Комарского, оператора Усачева и механика Сорокина.
На месте трагедии удалось найти бортовые регистраторы (МСРП?), но магнитная лента параметрического регистратора находилась в очаге пожара и полностью разрушена. Сохранилась лишь речевая информация на магнитной проволоке.
По предварительной информации, командир принял решение заходить на экстренную посадку и начал разворот. Этим и объясняется отклонение в 2 км места гибели лайнера от курса, которым он должен был следовать, первоначально озадачившее экспертов.
В декабре 2007 года были обнародованы результаты расследования трагедии. Аварийная комиссия пришла к заключению, что
21 марта 2008 года. В тот день у самолета Ан-12 при посадке в аэропорту якутского города Ленек сломалась передняя стойка шасси, и он остался лежать на взлетно-посадочной полосе, блокировав аэропорт почти на целый день.