КОР-1 строился малой серией на заводе № 31 в 1937–1940 гг. Предприятие в это время имело очень напряженную производственную программу. Велось крупносерийное строительство МБР-2, осваивалось производство таких сложных гидросамолетов, как лицензионный ГСТ («Консолидейтед» PBY-1) и отечественный МДР-6. Поэтому всего за это время было построено только 12 катапультных разведчиков. Три первых серийных машины с заводскими номерами 3152, 3153, 3154 начали строить еще в середине 1937 г. Однако их сдача военной приемке постоянно откладывалась из-за неудовлетворительных результатов испытаний и постоянных переделок опытной машины. Исходя из обнаруженных документов, можно сделать вывод, что не все доработки прототипа были внедрены в серийное производство. Например, подкрыльевые поплавки устанавливались увеличенного объема, а вот длина стоек всех поплавков осталась соответствующей исходному варианту опытной машины. Самолеты № 3152 и № 3153 облетали только летом 1938 г. При этом выявились несинхронный выпуск закрылков, неудачное крепление капотов, кроме того, управление двигателем также требовало доработки.
19 октября 1938 г. летчик-испытатель С.Б. Рейдель облетывал очередной серийный КОР-1 с заводским № 3154. После выполнения восьми полетов он вывозил на нем заводского летчика Громодвинникова. Громодвинников посадил самолет на скорости выше посадочной, в результате чего была деформирована передняя часть центрального поплавка. Машину отремонтировали, однако последующие события показали, что конструкция этого поплавка требует дополнительного усиления.
Серийные КОР-1 неоднократно дорабатывались. Например, зимой 1939–1940 гг. на лобовой части капота были установлены управляемые жалюзи «по типу самолета ПС-84», предохранявшие двигатель от переохлаждения.
Сдача последних КОР-1 военной приемке продолжалась до декабря 1940 г., уже после того как завод № 31 полностью перешел на выпуск истребителей ЛаГГ-3. При проведении сдаточных испытаний 4 ноября 1940 г. самолет № 203107 потерпел аварию в районе Таганрога. Машина скапотировала при посадке, экипаж в составе летчика М.В. Цепилова и наблюдателя А.Н. Безуглого при этом не пострадал. Так как глубина на месте происшествия была небольшой, полузатонувший КОР-1 подняли уже на следующий день. Причиной аварии стало разрушение центрального поплавка на пробеге вследствие его недостаточной прочности. Восстанавливать самолет не стали, он был списан.
К концу 1938 г. сложилась парадоксальная ситуация: морская авиация имела строившийся серийно катапультный разведчик КОР-1, который еще ни разу не стартовал с катапульты. Причиной такого положения стали крайне медленные темпы создания отечественных катапульт. Свои проблемы были и с зарубежными поставками.
Переговоры с фирмой «Хейнкель» проходили достаточно сложно. Немцы пытались добиться испытаний и сдачи катапульты в Германии. В свою очередь, отдел кораблестроения Управления Морских Сил РККА был категорически против этого, настаивая на том, что «приемка обязательно должна производиться в СССР. Наиболее серьезным основанием в данном случае является недопустимость отправки за границу необходимого для испытания нового образца корабельного самолета КОР-1». Фирме о КОР-1 сообщили только необходимые для проектирования катапульты характеристики: полетный вес — 2375 кг, взлетную скорость — 125 км/ч и максимальное ускорение — 4,0 д. Переговоры шли почти весь 1936 г., и в конце года договор был наконец подписан. В одном из его пунктов особо оговаривалось, что окончательная приемка изделия будет производится в СССР. В следующем, 1937 г., фирма «Хейнкель» начала проектирование катапульты К-12, а в 1938 г. обе катапульты были построены и отправлены в Советский Союз.
Однако тут возникла новая проблема. «Хейнкель» давал гарантию 3 месяца с момента отгрузки катапульт и до установки их на корабли и еще на 9 месяцев эксплуатации. Поэтому гарантии на обе закупленные К-12 заканчивалась, соответственно, 1 августа и 1 ноября 1939 г., а их смонтировали только весной 1939 г. Пришлось обращаться к германской стороне с просьбой продлить гарантию до 1 февраля 1940 г. Немцы в наше положение вошли и просьбу удовлетворили.
Испытания и приемка немецких катапульт К-12 проходили в апреле 1939 г. в Николаеве. Одна катапульта была установлена на специальной барже — плавучем стенде, вторая — на крейсере пр.26 «Ворошилов», который достраивался у стенки судостроительного завода № 198 имени А. Марти. Целью испытаний были как проверка эксплуатационных характеристик К-12, так и возможностей КОР-1 к катапультированию, для чего из Севастополя был перегнан один самолет. Всего с 1 по 26 апреля с плавучего стенда было произведено 22 старта, из которых половина произведена с испытательной болванкой и половина — с КОР-1. Начиная с 13 апреля, еще 11 пусков КОР-1 произвели с катапульты крейсера «Ворошилов». Несмотря на «несчастливое» число все прошло благополучно, без отказов, причем несколько раз самолет взлетал с подвешенными бомбами.