Естественно, что такая позиция Туполева, уже тогда обладавшего немалым влиянием, делала шансы МБР-2 попасть в серию весьма невысокими. Но тут в судьбу самолета, да и Г.М. Бериева снова вмешался Н.М. Харламов, ставший к этому времени начальником ЦАГИ. В состоявшейся на следующий день беседе он предложил Бериеву разработать пассажирский вариант МБР-2, поскольку, если эта машина заинтересует ГВФ, ее гораздо легче и скорее удастся запустить в серию. Не теряя времени, Н.М. Харламов вызвал к себе А.Н. Туполева и дал указание о проработке пассажирского варианта МБР-2. Туполев воспринял это распоряжение спокойно, только сказав Бериеву: «Я тебе выделю на эту работу конструкторов, машина твоя, так ты ею сам и занимайся», — что вполне устраивало Георгия Михайловича.
С выделенной группой конструкторов Г.М. Бериев в первую очередь принялся за полную переработку чертежей и эскизов, по которым строился опытный самолет, для возможной передачи на серийный завод, так как эта документация была в неупорядоченном состоянии. Сам пассажирский гидросамолет имел минимальные отличия от основного варианта морского разведчика. Основные доработки касались внутренней компоновки лодки, где на месте стрелка-радиста были установлены сиденья для пассажиров, а в палубе лодки вместо турели был сделан входной люк. Планировалось, что пассажирский вариант МБР-2 мог бы серийно строиться на заводе № 31 в Таганроге или заводе № 45 в Севастополе.
Но тут в судьбе самолета и самого Г.М. Бериева произошел очередной поворот. Во-первых, 13 января 1933 г. ЦКБ вновь обрело независимость от ЦАГИ и переместилось опять на опытный завод № 39, начальником ЦКБ стал С.В. Ильюшин. Г.М. Бериев стал начальником бригады № 5 (морские самолеты) ЦКБ.
Во-вторых, 14 марта 1933 г. штаб РККА вновь обсудил вопросы, связанные с развитием морской авиации. В принятом решении было записано: «Строительство морской авиации необходимо выдвинуть на первый план, и не за счет заграничных закупок (кроме образцов), а путем постройки заводов и создания новых конструкций гидросамолетов». Однако быстро выяснилось, что на этот момент единственным полностью отечественным гидросамолетом, не требующим покупки лицензии или комплектующих за границей и готовым для быстрого запуска в серию, оказался МБР-2.
В начале августа 1933 г. состоялось еще одно совещание, на этот раз в Кремле под председательством И.В. Сталина, посвященное состоянию морской авиации. Через несколько дней после него начальника ЦКБ С.В. Ильюшина и Г.М. Бериева вызвали в Реввоенсовет СССР и сообщили, что МБР-2 решением правительства принят на вооружение морской авиации. Ильюшин тут же поздравил Бериева с этим знаменательным событием, означавшим, что он официально признан как авиаконструктор.
Главным управлением авиационной промышленности (ГУАП) для серийного производства нового морского разведчика без колебаний был выбран таганрогский завод № 31. Севастопольский 45-й завод, бывший, по сути, большими авиаремонтными мастерскими, для постройки крупной серии не годился.
Авиационный завод № 31, определенный ГУАП для постройки МБР-2, к тому времени был одним из крупнейших отечественных авиационных предприятий и, что немаловажно, имевшим большой опыт строительства морских самолетов. Производственная программа завода № 31 на момент принятия решения о запуске МБР-2 в серию была весьма напряженной и включала крупносерийное производство многоцелевого самолета-амфибии LU-2, поплавкового варианта «крейсера» Р-6 — МР-6, а также гидросамолетов МБР-4 («Савойя» S.62bis), сменить которые в строевых частях и должен был МБР-2.
В октябре 1933 г. на завод № 31 была передана необходимая техническая документация и, предприятие преступило к освоению новой летающей лодки. В это же время для оказания технической помощи в освоении МБР-2 из Москвы в Таганрог приехал сам Г.М. Бериев с группой конструкторов.
Как вспоминал Г.М. Бериев, при переработке чертежей для серии между ним и техническим директором завода № 31 И.М. Косткиным периодически возникали разногласия, поскольку в конструкции самолета было немало деталей и узлов, для изготовления которых заводу нужно было осваивать новые технологические процессы. Поэтому со своей стороны завод требовал полной их переработки в соответствии с существующей технологией. Как правило, споры по этим вопросам заканчивались компромиссом.
В конструкцию серийных машин были внесены изменения. Роговую компенсацию руля поворота заменили на осевую, установили пластину Флетнера, на центроплане сделали узлы для подъема самолета из воды краном. Доработанный таким образом первый прототип (с двигателем BMW) в период с 10 января по 9 февраля 1934 г. прошел государственные испытания в Севастополе на базе отдельного морского отряда НИИ ВВС РККА.