Строевые летчики отмечали, что самолет прост в пилотировании и доступен летчикам средней квалификации, хорошо управляется при полете на скоростях от 200 км/ч до максимальной, устойчиво глиссирует во всем диапазоне скоростей, садится без тенденций к отделению от воды и продольным колебаниям на пробеге.
Высоко оценили авиаторы богатый для своего времени набор оборудования и в первую очередь РЛС. Моторы АШ-73 показали себя вполне надежными, а их регулировка не вызывала особых трудностей у тех-состава.
Нарекания вызывала прежде всего низкая устойчивость конструкции самолета к коррозии и негерметичность палубы лодки, трудность полетов в сложных метеоусловиях из-за недостатков в оборудовании кабины и неудовлетворительной работы противообледененительной системы передних стекол фонаря.
Кроме того, быстрое покидание рабочих мест пилотов с пристегнутым парашютом в аварийных ситуациях оказалось практически невозможным. Но самым главным недостатком все без исключения назвали отсутствие средств поиска субмарин в подводном положении.
По завершении испытаний окончательно утвердилось мнение, что Бе-6 следует применять прежде всего для дальней морской разведки, а также для поиска и уничтожения подводных лодок в надводном положении. Самолет мог использоваться как поисково-спасательный, а также для постановки минных заграждений и бомбометания по слабозащищенным морским и береговым целям.
В целом по боевой эффективности Бе-6 существенно превзошел устаревшую «Каталину», которая все еще оставалась основным морским разведчиком в СССР. Однако, как показали войсковые испытания, в повседневной эксплуатации Бе-6 оказался значительно сложнее американской амфибии, что привело к необходимости пересмотра штатов авиационных полков и отдельных авиационно-технических батальонов, а также норм по комплектам запчастей и инструмента.
Пожелания и замечания военных были учтены, и самолеты последних серий, начиная с № 5601602, получили воздушно-тепловую противообледенительную систему крыла и хвостового оперения, новые сиденья летчиков, а также систему наддува топливных баков нейтральным газом. Удалось улучшить компоновку носовой части самолета.
Всего с 1952 по 1957 г. в Таганроге было выпущено 19 серий Бе-6 общей численностью 123 экземпляра. На протяжении всего периода производства усилия заводчан были направлены на повышение качества выпускаемых машин. Предметом особых забот и своего рода «ахиллесовой пятой» самолета оставалась капризная система уборки антенны РЛС ПСБН-М, которая иногда отказывала. Так случилось и при облете одного из только что построенных Бе-6 на заводе в Таганроге. Инцидент грозил потерей самолета, однако, пока летающая лодка вырабатывала топливо, кружась в стороне от города, оператору РЛС капитану О.М. Терешко, удалось, разобрав механизм уборки, найти и устранить дефект. Полет завершился благополучно.
К совершенствованию Бе-6 в ОКБ-49 приступили сразу же после запуска машины в серию. Для того чтобы расширить возможности применения в зимнее время, в 1953 г. прорабатывалась возможность установки на серийные самолеты навесного амфибийного шасси.
Планировалось создать такую конструкцию, которая путем небольшой доработки серийных машин позволила бы значительно расширить возможности базирования самолетов Бе-6. Однако навесное шасси получилось громоздким и значительно ухудшало летно-технические данные самолета, поэтому от реальной разработки этого варианта достаточно быстро отказались.
Первой серьезной модификацией базового самолета стал поисково-спасательный вариант Бе-6, получивший обозначение Бе-6СС (спасательной службы). Работы над ним начались согласно ТЗ Авиации ВМФ и Постановлению СМ СССР № 1952–1047 от 26.11.1955 г. «О мерах по обеспечению спасения экипажей и пассажиров самолетов, терпящих бедствие в результате вынужденной посадки или аварии при полете над морем и в труднодоступной местности». До этого в советской морской авиации специализированных самолетов-спасателей не было, в этом качестве обычно использовались строевые МБР-2 и КОР-2.
В Бе-6СС был переделан серийный Бе-6 № 4601201. Модернизация производилась на опытном заводе ОКБ путем снятия носовой и палубной пушечных установок, рабочего места палубного стрелка, фотооборудования, койки на правом борту и сидений десанта на левом борту лодки в отсеке между шпангоутами № 19 и № 23.
Взамен снятого оборудования были установлены специальные радиотехнические средства поиска и обнаружения — приемное устройство «Штырь-А-4» (принимало сигналы аварийных радиостанций «Камелия») и приставка к радиокомпасу АРК-5У «Приток», средства подбора и приема на борт пострадавших и оказания им первой помощи.
Всего гидросамолет мог принять 15 человек, из которых 12 размещались на сидячих местах и трое — на подвесных койках. В состав экипажа вошел фельдшер, для которого установили сиденье, рабочий стол и специальный шкаф с набором необходимых инструментов и медикаментов.
Испытания спасателя проводились с 11 июня по 18 июля 1958 г. на базе 977-го ОДРАП ВВС ЧФ в г. Поти.