Доработки Р-1 проходили в октябре — ноябре 1952 г., совместно с ремонтом повреждений, полученных 3 октября 1952 г. во время первого полета летчика-испытателя Г.И. Бурьянова, недавно закончившего Школу летчиков-испытателей МАП (два вывозных полета он совершил 26 сентября). На посадке при скорости 190 км/ч начались «барсы», и машину несколько раз подбросило на высоту до 4 м (максимальная перегрузка в носу лодки составила 10,6 g).
По словам очевидцев (а в них недостатка не было, так как все происходило во время обеденного перерыва, на глазах у всего завода), самолет «нырнул» под воду так, что был виден только его хвост. Двигатели, «хлебнув» воды, заглохли, и летающая лодка закачалась на волнах в полной тишине, нарушаемой только шипением пара на остывающих мотогондолах.
Со стороны казалось, что после произошедшего машину придется списать, но запас прочности у Р-1 оказался таким, что в результате отделались не слишком значительными повреждениями.
После ремонта и всех доработок на самолете успели в период с 30 ноября до 4 декабря выполнить несколько пробежек, пока ледостав не прервал испытания до весны следующего года.
К этому моменту стало ясно, что все мыслимые сроки передачи Р-1 на государственные испытания сорваны. И никто не мог дать гарантии, что машину удастся довести до «ума» в следующем, 1953 г. А ведь Ил-28 и Ту-14 уже несколько лет строились серийно! Кроме того, за время затянувшихся заводских испытаний летающая лодка успела морально устареть и ее ЛТХ, прежде всего скорость и потолок (не считая дальности), уже не устраивали заказчика.
Все это послужило поводом для «разбора полетов» на высшем уровне. В Москве под председательством министра оборонной промышленности СССР Д.Ф. Устинова собралось представительное совещание. На нем присутствовали представители МАП, ЦАГИ, ЛИИ и других институтов. ОКБ представляли главный конструктор Г.М. Бериев и ведущий аэрогидродинамик А.К. Константинов.
Министр авиационной промышленности М.В. Хруничев сразу «взял быка за рога», предложив тему по самолету «Р» закрыть. За этим вполне могло последовать и расформирование ОКБ. Однако более прагматичный Устинов решил дать Г.М. Бериеву возможность довести свою машину, одновременно выдав задание на разработку более совершенного реактивного гидросамолета.
В принятии этого решения свою роль сыграла позиция командующего авиацией ВМФ Е.Н. Преображенского, который в июне 1953 г. в письме в Совет Министров СССР писал: «…считаю целесообразным построенный экземпляр гидросамолета Р-1 использовать в качестве экспериментального для отработки аэрогидродинамики нового самолета, второй экземпляр не строить, выдать т. Бериеву новое задание на летающую лодку с двумя реактивными двигателями…».
Его поддержал в сентябре 1953 г. в своем письме к министру обороны Н.А. Булганину вновь ставший главкомом адмирал флота Н.Г. Кузнецов: «Выдать задание главному конструктору Бериеву на новую летающую лодку-амфибию с двумя турбореактивными двигателями для выполнения задач разведки и торпедно-бомбовых ударов по кораблям и транспортам противника».
По мнению высоких флотоводцев, новый самолет должен был иметь максимальную скорость порядка 950—1050 км/ч, потолок — 15 000—16 000 м, практическую дальность полета до 3500 км и обладать мореходными качествами, обеспечивающими взлет и посадку при высоте волны до 1,5 м». Свои предложения они подкрепили соответствующими шагами, и уже
8 октября 1953 г. вышло Постановление СМ за № 2622-1105сс о создании гидросамолета «М» — будущего Бе-10.
Летные испытания Р-1 возобновились 18 июля 1953 г. На самолете улучшили механизацию крыла (установили выдвижные закрылки вместо щелевых). Дренаж был основательно переделан — теперь воздух подавался через два отверстия в зону с наибольшим разряжением. Давление в каналах дренажа измерялось специально разработанным измерителем колебаний давления.
Без особых надежд на долгую жизнь Р-1 все же изготовили макет хвостовой части со стреловидным оперением, но в металле его так и не воплотили.
После длительного «лечения «гидросамолет на взлете и посадке вел себя вполне устойчиво. Отделение от воды происходило плавно, без клевка в момент отрыва. Взлетная скорость составляла порядка 200 км/ч, посадочная — 185 км/ч.
После завершения испытаний Р-1 использовался в качестве летающей лаборатории и учебно-трениро-вочного, пока в одном из тренировочных полетов в феврале 1956 г. летчик-испытатель М. Власенко не совершил аварийную посадку в Геленджикской бухте с выбросом машины на отмель. Восстанавливать самолет после этого не стали, и он, по крайней мере до 1959 г., стоял на испытательной базе в Геленджике.
Параллельно с доводкой Р-1 шли работы по второму варианту летающей лодки «Р» — Р-2, макет которой был предъявлен заказчику 30 июля 1952 г. Фактически это был макет носовой части, так как крыло, хвостовое оперение и остальная часть лодки были такими же, как у Р-1.