СССР сделало окончательный выбор в пользу баллистических ракетных комплексов. А вот работы по разведывательным вариантам стратегических крылатых ракет, еще представлявших интерес для военных заказчиков, продолжились и после принятия на вооружение ракеты Р-1. Правда, в конце концов на вооружение в 1964 г. поступил только созданный в ОКБ А.Н. Туполева дальний беспилотный разведчик ДБР-1 «Ястреб», вариант Ту-121. Остальные, в том числе и П-100, не выдерживали конкуренции с еще одним творением ОКБ С.П. Королева — спутником-разведчиком «Зенит». В силу вышеуказанных причин П-100 так и не была воплощена в металле (в отличие от «Бури» или Ту-121).
Еще одной необычной задачей, которую пришлось выполнять ОКБ Г.М. Бериева, стало создание советского аналога американского самолета U-2 — высотного самолета-разведчика С-13.
События, давшие толчок началу работ ОКБ-49 по высотному разведчику, имеют мировую известность. 1 мая 1960 г. под Свердловском зенитной ракетой комплекса С-75 был сбит американский самолет-разведчик U-2. Пилотировавший его летчик Френсис Г. Пауэрс спасся на парашюте и был арестован как нарушитель Государственной границы СССР.
Факт пресечения полета U-2 стал поводом для громкого международного скандала, хотя самолеты-шпионы к тому моменту неоднократно безнаказанно фотографировали важнейшие военные и промышленные объекты СССР. Но поднимать шум, не имея возможности уничтожить нарушителя, было политически невыгодно, и вот теперь радоваться могли все — политики в Кремле, получившие козырь в «холодной войне» с США, военные, одержавшие серьезную победу в воздухе, а в руки к специалистам авиационной промышленности в буквальном смысле с неба свалился самолет, воплотивший в себе самые последние достижения самолетостроения основного вероятного противника.
Место падения обломков сбитого U-2B самым тщательным образом прочесали и все, что смогли найти, доставили в НИИ ВВС. Там «дар небес» с серийным номером 56-6693 был досконально изучен (вплоть до летного белья пилота).
В составленном НИИ ВВС отчете отмечалось: «Самолет У-2 (так в оригинале, — Прим. ред.) представляет большой интерес для ВВС из-за большой высотности (более 20 000 м) и дальности (7000–8000 км) при небольшом взлетном весе (около 11 000 кг), а также представляет большой интерес по своему оборудованию, предназначенному для разведки». В заключении к этому документу содержалось предложение: «Поручить одному из КБ в течение 1960–1961 гг. воспроизвести высотный разведчик для фото- и радиоразведки на базе двигателя J75-P2-P13 и представляющего интерес оборудования».
28 июня 1960 г. вышло Постановление СМ СССР № 702–288 о воспроизведении двигателя Пратт-Уитни J75-P2-P13. Работы по его советскому аналогу РД-16-75 вело ОКБ-16 в Казани. Через месяц, 23 августа 1960 г., вышло Постановление СМ СССР № 918–383 «О воспроизведении самолета-разведчика У-2 по сохранившимся останкам и материалам сбитого самолета». Основным исполнителем работ, согласно постановлению, стало ОКБ-49 во главе с Г.М. Бериевым.
Работы над аналогом U-2, получившим обозначение С-13 (внутри ОКБ — «изделие «Ю»), начались сразу после выхода постановления, поскольку сроки были поставлены очень жесткие — в первом квартале 1962 г. предъявить две машины на испытания. Всего планировалось построить пять самолетов С-13.
Самолет планировалось использовать как высотный разведчик (в этом варианте на него устанавливался АФА-60 — аналог американского фотоаппарата типа 73-В), как сверхвысотный перехватчик для уничтожения дрейфующих аэростатов и метеоразведчик.
В Таганрог доставили все обломки U-2, которые удалось собрать, после чего требовалось выполнить невероятно сложную и кропотливую работу — собрать из этих отдельных фрагментов макет самолета. Эту задачу успешно решили, проведя одновременно, совместно с ВИАМ, анализ конструкционных материалов, из которых был изготовлен «американец». После этого начали изготовление металлического макета аналога и одновременно выпуск рабочих чертежей самолета.
Очень многое в оборудовании самолета сильно отличалось от принятого в СССР. Например, при катапультировании летчик должен был потянуть две ручки на бортах кабины для сброса фонаря, причем сделать это одновременно, иначе механизм могло заклинить. По советским нормам в этом случае положено было ставить одну рукоятку. Конструкторы даже обратились по этому поводу к ведущему летчику-испытателю ОКБ П.П. Бобро, который дал философский ответ: «Если платят, то можно дергать и две сразу!»
Металлический макет изделия «Ю» построили к 1 апреля 1961 г., а 1 июля закончили выпуск рабочих чертежей. Одновременно в ОКБ-49 выпустили и сдали в производство чертежи на стенды для испытаний двигателя РД-16-75 и отдельных систем и механизмов самолета.