С самолета сняли броненадголовник, на нижний центральный люк поставили замки ДЗУС. На каждом посадочном щитке установили по три замка, сняв замок с цилиндра уборки шасси. Полотняную обшивку элеронов заменили металлической. На самолете появилась вентиляция кабины через отверстие в нижней части козырька фонаря. Заменили маслорадиатор, а расходный бачок с обратными клапанами – бензофильтром с пожарными кранами. Установили дополнительную нагнетающую маслопомпу. Во всасывающем патрубке мотора разместили противопыльный фильтр и изменили систему обдувки внутренних выхлопных коллекторов. Установили винт ВИШ-107ЛО (диаметр 3,1 м) с полированными передними кромками лопастей, однолучевую антенну с мачтой и кислородный прибор КП-12 вместо КПА-3бис.
Государственные испытания, завершившиеся в середине июля 1945 года, выявили в машине большое количество дефектов. В частности, недостаточное бронирование самолета из-за отсутствия переднего бронестекла, перегрев масла в наборе высоты и охлаждающей жидкости мотора в горизонтальном полете, нарушение нижнего уплотнения блоков двигателя и разрушение его коренных подшипников, недостаточная прочность кока винта и труб охлаждающей системы и прочее.
В итоге А. С. Яковлев просил прервать испытания и направить самолет в Москву для его доводки.
В заключении НИИ ВВС по самолету отмечалось также, что самолет необходимо предъявить на повторные государственные испытания не позднее 17 июля 1945 года. Что касается новшеств, примененных в машине № 41–038, то их рекомендовалось внедрить в серию.
В ходе доводки самолета установили водорадиатор № 700 площадью 15,5 дм2 с увеличенными входными и выходными тоннелями. Тогда же трубку Вентури, питавшую гироскопические приборы, перенесли в зализ крыла. Заводские испытания (летчик М. И. Иванов и механик Н. И. Кощов) показали, что температурный режим двигателя не соответствует техническим условиям завода № 26, и тогда на истребитель установили радиатор с вдвое большей площадью. С ним машину, получившую впоследствии «титул» «эталона 1945 г.», в октябре 1945 года передали на испытания в НИИ ВВС, и вслед за этим в Чкаловскую поступил самолет Як-9У завода № 166 № 52–082 с ВК-107А с измененными системами охлаждения. Вооружение осталось далеко не эталонным, а больше «стандартным» – два синхронных пулемета УБС и пушка МП-20.
В отличие от «эталона 1945 г.» № 41–038 масло– и водорадиаторы заменили более эффективными и увеличили площади их проходных сечений тоннелей, одновременно изменив углы открытия заслонок. Датчик, измерявший температуру выходящего из двигателя масла, перенесли на вход масла в мотор.
Температурный режим двигателя облегчили, но вместе с этим сократилось расстояние (до 70 мм) от земли до заслонки при полном ее открытии и возросли усилия, необходимые для ее закрытия в полете. Дело дошло до того, что при скорости более 450 км/ч это сделать было невозможно.
В заключении по результатам контрольных испытаний самолета № 52–082 отмечено, в частности:
Тем не менее производство Як-9У, не выдержавших государственные испытания, продолжалось.