На взлете машина быстро набирала скорость и хорошо слушалась рулей. Избыток мощности и закрылки сильно сокращали разбег и обеспечивали большую скороподъемность. Это позволяло эксплуатировать мини-лайнер на аэродромах очень ограниченных размеров.
В горизонтальном полете Як-16/I имел большой диапазон скоростей. Устойчивость относительно всех трех осей хорошая, особенно путевая, что очень важно для рейсовых полетов. Устойчивость проверялась в условиях неспокойного воздуха; при этом даже в сильную болтанку самолет с брошенным управлением сравнительно долго сохранял заданный курс.
Нагрузки на рули невелики. При изменении центровки дополнительные усилия легко снимались триммером на всех режимах. Запас рулей достаточен.
Виражи Як-16 выполнял устойчиво, стремления к заваливанию в крен или к зарыванию носа не имел. Планировал самолет устойчиво по крутой глиссаде. Переход на выдерживание проходил плавно, без просадки. При всех допустимых центровках от 20,5 до 25,5 % машина легко приземлялась на три точки.
В случае ухода на второй круг с выпущенными закрылками самолет энергично набирал скорость и высоту.
На пробеге самолет устойчив. Развороты при сильном боковом ветре парировались рулем направления и тормозами.
Возможность полета с одним остановленным мотором, являющаяся главным фактором безопасности самолета, обеспечена блестяще. Як-16/I на одном двигателе легко набирал высоту до 2500 метров. При этом скороподъемность доходила до 2 м/с.
Устойчивость пути при одном остановленном моторе была отличная. Нагрузки на педали полностью снимались триммером, а развороты выполнялись даже в сторону отключенного двигателя.
Неожиданный выход из строя одного из моторов опасности не представлял. Самолет первое время легко удерживался рулем поворота и обратным креном, пока нагрузка с руля поворота не снималась небольшим отклонением триммера, после чего прямолинейный полет продолжался без крена.
Як-16/I в управлении был прост и допускал быстрое и легкое освоение летчиками невысокой квалификации.
В начале 1948 года машина выдержала государственные испытания в НИИ ГВФ, и весной того же года построили второй армейский вариант Як-16/II. Двигатели остались прежние, но воздушные винты заменили на флюгерные В-511. Для борьбы с обледенением винтов и лобовых стекол фонаря кабины пилотов использовали жидкость антифриз. В отличие от предшественника, немного увеличили площадь вертикального оперения и удлинили носовую часть фюзеляжа, усиленный пол грузового отсека которого выдерживал нагрузку от сосредоточенного груза весом до 1000 кг.
В фюзеляже могло разместиться до семи человек с парашютами или до десяти – с вооружением, но без парашютов. В санитарном варианте допускалась перевозка до шести раненых на носилках и одного медработника. Для этого в левом борту фюзеляжа имелась большая грузовая дверь с калиткой. На фюзеляже разместили вращавшуюся экранированную турель УТК-1 с пулеметом УБТ. Под центропланом крыла имелись узлы подвески трех парашютно-десантных мешков ЦДММ-120. В этом случае в грузоотсеке допускалась транспортировка до 500 кг грузов. Имелся на машине и замок для подцепки буксировочного троса десантного планера. Буксировочный вариант Як-16 разработали в соответствии с приказом министерства.
Заводские испытания Як-16/II начались в последний день марта 1948 года. За четыре недели выполнили 17 полетов, после чего машину передали в НИИ ВВС.
Ведущими по машине на этапе заводских испытаний были инженер О. А. Сидоров, летчик – Ф. Л. Абрамов, второй пилот – Г. С. Климушкин и механик – И. В. Казаманов.
В акте по результатам заводских испытаний Климушкин отмечал, в частности: