В ходе государственных испытаний выявился и ряд недостатков, влиявших как на безопасность полета, так и ограничивавших тактическое использование истребителя. Отмечалась недостаточная прочность стабилизатора и пушечных установок. Если слабость стабилизатора можно объяснить несоответствием существовавших норм прочности реальным нагрузкам (по этой причине были катастрофы истребителей И-250, МиГ-9 и МиГ-15), то последнее нельзя объяснить иначе как желанием конструкторов облегчить планер.
На опытном Як-23 летчик испытывал повышенные нагрузки на ручку управления от элеронов и на педалях от руля поворота. Отмечались очень малая дальность радиосвязи с землей, не превышавшая 40 км, и недостаточный запас кислорода для полета на больших высотах.
Отсутствие воздушных тормозов ограничивало маневренные характеристики машины. Достаточно сказать, что при полете на высоте 5000 метров на торможение со скорости 864 до 637 км/ч уходила 51 секунда. В воздушном бою за это время противник, «ощетинившись» воздушными тормозами, мог пропустить «як» вперед и без труда уничтожить. Следует отметить, что этот тактический прием широко использовался в годы Второй мировой войны и подтвердил свою жизненность в 1950-е годы в Корее. Вопрос о принятии на вооружение истребителя Як-23, несмотря на все положительные отзывы, повис в воздухе.
К этому времени уже серийно выпускался истребитель МиГ-15 и осваивался в производстве Ла-15 с двигателями РД-45 и РД-500 соответственно. Казалось, преимущество самолетов со стреловидным крылом, особенно в высотно-скоростных характеристиках, бесспорно и Як-23 останется в разряде опытных.
Первого апреля 1950 года в 382-м иап (командир – подполковник Лигвиненко) 42-й иад (командир – полковник Яманов), дислоцировавшемся на аэродроме Ханкала, в семи километрах от Грозного, начались войсковые испытания Як-23. В испытаниях участвовали 20 машин первой серии с № 312343106 по № 31233146. Хотя аэродром имел комбинированную ВПП длиной 2000 метров, половина которой имела бетонное покрытие шириной 80 метров, а вторая половина – металлические перфорированные решетки, полеты производились преимущественно с бетонированного покрытия.
Летчики, участвовавшие в испытаниях, закончили переучивание на новую машину до 15 марта и до их начала имели налет на Як-23 от 23 минут до 1,5 часа. Если с укомплектованием полка летным составом трудностей не было, то испытывали серьезные трудности c нехваткой техников, подготовка на Як-23 завершилась лишь в августе.
Полеты в ходе войсковых испытаний закончились 9 сентября. За этот период было выполнено 2176 полетов с общим налетом 990 часов 39 минут. Из них ночью – 34 полета, налетав в общей сложности 22 часа 14 минут.
Следует отметить, что пять машин были укомплектованы прицелами АСП-1Н, а остальные – АСП-3Н.
Испытания показали, что Як-23 был доступен для освоения летным составом средней квалификации. Правда, специальное оборудование самолета не позволяло заходить на посадку по системе ОСП-48 днем и ночью – на не освещенную ВПП. По простоте техники пилотирования самолет мог быть использован в учебно-тренировочных центрах, школах и строевых частях как переходный боевой тип реактивных самолетов. Самолету не требовались большие аэродромы во фронтовых условиях, и он мог применяться как истребитель фронтовой авиации ближнего боя.
Летный состав полка оценивал устойчивость самолета относительно всех трех осей как вполне достаточную, но нагрузки на ручку управления машиной от элеронов были высоки. Чрезмерных усилий требовало и перемещение рычага управления двигателем. Попытку облегчить поперечное управление самолетом предприняли в ходе испытаний. Для этого установили гибкую перегородку (герметизировали щель) между элеронами и крылом и срезали на 2,5 мм заднюю кромку элерона, но полностью облегчить управление не удалось.
Эффективность же рулей и элеронов признали достаточной.
При достижении скорости, соответствующей числу М=0,81 на высоте 10 000 метров, в горизонтальном полете возникало самопроизвольное раскачивание самолета вокруг продольной оси с периодом две секунды и углами крена 10–15 градусов. Одновременно появлялось, правда незначительное, раскачивание вокруг поперечной оси машины. При этом на ручке управления самолетом возникали знакопеременные нагрузки от элеронов. Иногда летчики отмечали дрожание самолета. Все эти явления были связаны с образованием скачков уплотнения на крыле и фюзеляже, где местная скорость воздушного потока достигала околозвуковых значений.
При выполнении фигур сложного и высшего пилотажа (боевой разворот, иммельман, мертвая петля, вывод из переворота) ощущение сжимаемости воздуха появлялось на меньших скоростях.
В ходе испытаний имели место три случая самопроизвольного сброса подвижных частей фонаря кабины пилота.