Либерал по убеждению, он поддерживал депутатов Рейхстага от социал-демократической партии. Пришедшие к власти нацисты хорошо знали, что не могут рассчитывать на сотрудничество с Юнкерсом. Но им были нужны его самые большие в Германии компании по выпуску самолетов и двигателей, его высококвалифицированные и опытные специалисты, его лаборатории и аэродинамические трубы. Они шантажировали всемирно известного авиаконструктора и его семью для того, чтобы отнять его компании и использовать его имя. Талантливым ученикам профессора Юнкерса пришлось работать на войну, и созданные ими бомбардировщики убили много людей, но он об этом не узнал.