07.06.1940 – директор НИИ-3 Б.М. Слонимер и А.Г. Костиков направили на имя члена Совета оборонной промышленности Комитета обороны при СНК СССР А.К. Ходякова развернутый доклад, в котором по итогам отработки ракетных снарядов различного типа предлагали форсировать работы по созданию систем ракетного вооружения для боевых самолетов, состоящих на вооружении ВВС КА. Предполагалось, что летающие ракетные батареи будут поражать трудноуязвимые для авиации цели, «имеющие броневое перекрытие (танки, надводный морской и речной флот и т. д.)», с пикирования под углами 45–60 град, ракетными бронебойными снарядами калибров 82, 132 и 203 мм. При замене бронебойной головной части РБСов на бетонобойную, «что легко достигается стандартизацией ракетных частей», обеспечивалось поражение «наземных фортификационных сооружений». Поражение других целей с меньшей защитой (автомашины, артиллерия на позиции, огневые средства ПВО, пехота на марше и т. д.) предполагалось обеспечивать ракетными осколочно-фугасными снарядами калибра 132 мм – РОФС-132. Основным козырем применения ракетных снарядов с пикирования являлась повышенная точность стрельбы и мощь боевых частей снарядов, разработанных в НИИ-3. Стрельбу предполагалось вести как одиночно, так и залпом из двух, четырех и восьми снарядов. При этом считалось, что именно залповая стрельба будет давать наибольший эффект. В качестве основных носителей такого оружия предлагалось использовать самолеты И-15бис или И-16 (8 РБС-82), а также пикирующие варианты двух моторных бомбардировщиков СБ (22 РБС-132) и ДБ-3 (9 РБС-203). Размещение ракетных снарядов на СБ предлагалось выполнить комбинированным: 10 РБС-132 разместить на пусковых установках под плоскостями крыла и 12 РБСов – в специальной кассетнице, расположенной в бомболюке самолета и выдвигаемой при стрельбе из бомболюка в воздушный поток. На ДБ-3 ракетные снаряды РБС-203 предлагалось разместить следующим образом: 3 снаряда под фюзеляжем и 10 – под крылом самолета. Предполагалось, что «монтаж и демонтаж ракетного вооружения самолетов (за исключением электропроводки в крыльях самолета)» в полевых условиях будет выполняться техническим составом авиачастей «в течение I ч. до 3,5 ч. в зависимости от типа самолета и калибра РБС». Для отработки методики стрельбы ракетными снарядами с пикирования, совершенствования пусковых установок ракетных орудий, отработки тактики применения ракетных самолетов Б.М. Слонимер и А.Г. Костиков просили выделить для испытаний в НИП АВ ВВС КА один СБ, один ДБ-3 и звено самолетов И-15бис или И-16. Полигон под Ногинском требовалось оборудовать «бетонноми и бронеплощадками размерами 50x50 м».
11.07.1940 – А.Г. Костиков организовал теоретическую группу № 1, с целью продолжения исследований закономерностей влияния различных факторов на кучность стрельбы снарядов. Начальником группы был назначен инженер М.П. Дрязгов.
1940 – в качестве главного инженера НИИ-3 принимал участие в разработке проекта «Ракетный снаряд и мина с дополнительной скоростью на нисходящей ветви траектории (РС-ДС и мина ДС)». На практике не был реализован, т. к. был получен отказ в выдаче авторского свидетельства, в виду отсутствия предмета изобретения.
1940–1941 – в качестве главного инженера, а затем и.о. директора НИИ-3 руководил работами по созданию ракеты РДД-604 конструкции А.С. Душкина с комбинированным двигателем, переходящим после работы порохового заряда на жидкие компоненты. Работа не имела успеха.
09.1940 – на коллегии наркомата боеприпасов А.Г. Костиков заявил, что реактивные установки для снарядов М-13 существуют только в воображении директора Института. Этим А.Г. Костиков мстил директору Института Б.М. Слонимеру за то, что тот ограничивал его самостоятельность, использовав еще при этом на работах по приобретению автомашин. И это происходило тогда, когда А.Г. Костиков добивался возможности руководства работами без директора Института, считая себя уже автором нового оружия – третьего варианта пусковой установки.
21.11.1940 – закончила работу вторая комиссия по расследованию деятельности А.Г. Костикова. Она полностью подтвердила результаты работы первой комиссии (Протокол № 0165 от 21.11.1940). Решением этой комиссии главному инженеру НИИ-3 А.Г. Костикову «за
29.11.1940 – назначен и.о. директора НИИ-3. В этот день актив НИИ-3 потребовал снятия А.Г. Костикова с занимаемой должности. Но вместо этого он был повышен.