Еще в мае 1939 года взлетел опытный истребитель Ме-209 V-4, который Вилли спроектировал как вариант рекордного скоростного самолета. Но тогда летчик-испытатель и инженер Вурстер дал отрицательное заключение по истребителю из-за его плохих взлетно-посадочных и пилотажных характеристик. Это подтвердили и военные летчики, которые могли сравнить его с проходившим у них летные испытания Bf-109F. На этом проект и закончился. В 1940 году эту опытную машину Вилли пытался продать русским. Но авиаконструктор Александр Яковлев и другие члены закупочной комиссии от этого предложения отказались.
В марте 1942 года у Вилли появилась идея воскресить преемника 109-го, используя конструктивные элементы «Густава» в сочетании с новой силовой установкой, шасси с широкой колеей и новым килем.
Новый Ме-209 рождался в группе Рихада Бауэра с круглым носом из-за кольцевого радиатора за обтекателем винта. Шесть стволов вооружения – четыре пушки МК-108 калибра 30 мм фирмы Rheinmetall-Borsig и две пушки МG-151 калибра 20 мм фирмы «Маузер». Основные ноги шасси крепились в консолях крыла и убирались в сторону фюзеляжа.
Общий вид истребителя Ме-209, 1942 год.
Разработка нового истребителя Ме-209 началась, когда уже полным ходом выпускались чертежи другого нового истребителя Мессершмитта для замены 109-го. Это был Ме-309. Основные ноу-хау, которые легли в основу его облика, Вилли уже проверил на опытных 109-х машинах. Убираемый радиатор в нижней части фюзеляжа сначала был испытан на Bf-109 V-24 в натурной аэродинамической трубе Геттингена, а затем в полетах на Bf-109 V-31. Два варианта конструкции гермокабины испытаны в летных условиях на опытных V-30 и V-30а. Передняя нога шасси была установлена и испытана на Bf-109F V-1. Мессершмитту было заказано девять опытных Ме-309.
Компоновка нового истребителя Ме-309.
Мильх надеялся, что когда в 1943 году начнется массовый выпуск Ме-309, то Мессершмитт снова будет производить прекрасный самолет. Но пока он только выдает много идей, которые не могут сравниться с успехом его предвоенного 109-го.
Скоростные рулежки прототипа Ме-309 V-1 с мотором 603, носовой и разнесенными основными стойками шасси, убираемым радиатором и гермокабиной начались 27 июня 1942 года. Они выявили шимми носового колеса. Дефект был устранен установкой демпфера. Через три недели он взлетел в Аугсбурге. Но первый полет длился всего семь минут из-за перегрева двигателя. Успела также отказать гидросистема, и шасси невозможно было убрать. Последующие летные испытания выявили необходимость ряда изменений конструкции. Перепробовали пять вариантов килей, а машина продолжала рыскать на разбеге.
Первый опытный истребитель Ме-309 V-1, 1942 год.
Показ первого опытного 309-го полковнику Голланду в Рехлине состоялся в ноябре. На нем летал очень авторитетный летчик-инженер Баувейс. Он не был в восторге от нового истребителя и сделал вывод, что Bf-109G «Густав» ничем не хуже. Программу Ме-309 закроют в пользу Ме-209, который военным казался более естественным преемником знаменитого 109-го.
Через полгода после отстранения Вилли Мессершмитта от руководства его компанией он получил новый удар. В госпитале Мюнхена после непродолжительной болезни сердца 7 ноября 1942 года скончался исполнительный директор, бригадефюрер СС Теодор (Тео) Кронейс. Прощальную церемонию в сборочном цехе завода в Регенсбурге открыл гауляйтер Баварии группенфюрер СС Фриц Вахтлер. Вилли Мессершмитт в своей трогательной речи отдал дань уважения своему другу и говорил о его человеческих качествах и умелом руководстве компанией.
Высадка союзных войск в Алжире 8 ноября 1942 года оказалась совершенно непредсказуемой. В самый критический момент Сталинградской битвы на Восточном фронте пришлось перегнать в Средиземноморье более 400 самолетов. Особенно большое значение для русских имела переброска из Северной Норвегии 150 бомбардировщиков и торпедоносцев, топивших конвои из Англии с грузами для Советского Союза. На Север они до конца войны так и не вернутся, завязнув на Средиземном море.
Вилли внимательно следил за ходом немецкого наступления на Сталинград, отмечая на карте иголками с флажками движущуюся линию Восточного фронта. К новому году в Сталинграде стало совсем плохо. Только 14 января 1943 года Гитлер приказал Мильху спасти 6-ю армию Паулюса в Сталинграде и дал ему чрезвычайные полномочия. К этому времени, благодаря упорству Гитлера, послушанию Паулюса и тщеславию Геринга, армия прочно сидела в капкане и была уже обречена.