Как заведующий техническим отделом, Николай Николаевич получал в начале 1919 г. 1880 рублей. В условиях инфляции размер этой зарплаты носил скорее символический характер. Гораздо большее значение имело причисление Поликарпова
Хорошо знакомый с особенностями авиационного производства, с текущим состоянием выполнения заказов, Николай Николаевич часто исполнял обязанности главного инженера завода В. В. Бартошевича во время его служебных командировок.
В то время завод выпускал самолеты «Ньюпор-17», «Ньюпор-21», «Ньюпор-23», «Фарман-30». Делались попытки строить истребители «Спад». Кроме этого, завод производил велосипеды (в том числе «военного типа» со складной рамой), детали для моторов, пулеметные установки.
В сентябре 1918 г. завод «Дукс» завершил постройку серии из 30 самолетов «Фарман-30», в обеспечении производства которых принимал участие Н. Н. Поликарпов. Его дебют в должности начальника технического отдела завода прошел успешно.
С конца 1918 г. Николай Николаевич занимался подготовкой к серийному выпуску самолета-разведчика «Де-Хевилленд-4». Более подробно об этой работе мы расскажем в следующей главе.
В марте 1918 г. с крейсера «Глори» в Мурманске был высажен английский десант. Верховный совет Антанты принял решение оккупировать не только Мурманск, но и Архангельск. Летом 1918 г. поднял мятеж чехословацкий корпус. Чехами были заняты почти все города на Транссибирской магистрали от Волги до Тихого океана. Был образован Восточный фронт, а чуть позже — Южный. В августе 1918 г. В. И. Ленин потребовал принять срочные меры по усилению войск в районе Архангельска, к удержанию во что бы то ни стало Котласа.
Гражданская война выявила острую необходимость в авиации. Руководящие органы государства стали обращать внимание на неотложные проблемы ее развития. В декабре 1918 г. правительством было принято решение об организации ЦАГИ. 31 декабря 1918 г. Президиум ВСНХ постановил объявить национализацию авиазаводов «Гном и Рон», «Дукс», «Моска», «Мотор». Для их управления было создано Главное правление объединенных авиапромышленных заводов (Главкоавиа), первоначально размещавшееся в доме № 3 на Лубянке, затем в доме № 6 на Сретенском бульваре, а с апреля 1922 г. — в зданиях на Биржевой площади и на Ильинке. Позже, в 1919 г., было национализировано еще 6 заводов, в том числе в Петрограде. Через год, 22 декабря 1919 г., чтобы улучшить проблему снабжения, Главкоавиа было передано в Совет военной промышленности (Промсовет), который, в свою очередь, подчинялся Чрезвычайному уполномоченному Совета рабоче-крестьянской обороны по снабжению Красной Армии и флота (Чусоснабарм).
Предприятия, входящие в Главкоавиа, получали номер вместо своего названия или названия фирмы. Завод «Дукс» стал называться Государственным авиационным заводом № 1 (ГАЗ № 1), Петроградский соединенный авиационный завод (в который вошли на правах филиалов все авиационные предприятия города) — ГАЗ № 3 и т. д. К этому стандартному обозначению иногда добавлялось почетное название завода. Например, ГАЗ № 3 «Красный летчик».
По сравнению с дореволюционной эпохой число заводов сократилось. Ряд предприятий, входивших в ГУВП, через некоторое время были закрыты или переведены в ремонтные. Новые самолеты фактически строились только в Москве, Петрограде, Таганроге.
Не ограничиваясь выпуском уже налаженной серийной продукции, в нелегкие годы Гражданской войны завод «Дукс» сумел организовать серийное производство новых модификаций, новых образцов боевой техники. Сначала это были истребители «Ньюпор-24» и «Ньюпор-24 бис», затем ГУВВФ попросило наладить постройку аппаратов «Сопвич-IV». По просьбе Поликарпова заводу с Московского авиационного парка-склада передали один образцовый аппарат «Сопвич»
Всего за 1918/19 операционный год УВВФ было передано несколько десятков самолетов типа «Ньюпор», «Сопвич», «Фарман-30». По программе, утвержденной Главкоавиа в августе 1919 г., до 1 мая 1920 г. завод «Дукс» должен был выпустить 60 разведчиков «Сопвич», 65 истребителей «Ньюпор-24 бис», освоить в производстве и построить 70 разведчиков «Де-Хевилленд-4», однако выполнить эту производственную программу не удалось.
Работать приходилось в сложных условиях: не хватало материалов, часто случались перебои с электроэнергией, топливом, поставками ацетилена и кислорода для сварки. Сохранилась служебная записка Поликарпова дирекции завода о том, что отсутствие мелких гвоздей не дает возможности вести производство. Не хватало инструментов и оборудования. В служебной записке, направленной в УВВФ, от 24 марта 1919 г. Николай Николаевич просил отпустить со складов ВВС электродрели или дать наряд на их приобретение.