25 июня Ельцин подписал указ о поэтапном выводе с территории Чечни к 1 сентября соединений и частей, входящих в состав Ленинградского, Московского, Приволжского и Уральского военных округов. 28 июня начался выход из Чечни 245-го мотострелкового полка — первой воинской части, выводимой из зоны конфликта в рамках «мирного плана». 1 июля командование чеченской стороны заявило, что намерено после 7 июля осуществлять «меры оборонительного характера», поскольку разблокирование населенных пунктов так и не началось: федеральная сторона не ликвидировала ни одного блокпоста. 3 июля в селе Новые Атаги состоялась последняя встреча рабочей группы по решению блока военных вопросов. Федеральная сторона заявила, что блокпосты ликвидируются и идет плановый вывод воинских подразделений из Чечни. 6 июля представитель А. Масхадова заявил, что если к концу следующего дня в Чечне не будут ликвидированы все блокпосты федеральных сил, как это предусмотрено протоколом, подписанным в Назрани, чеченская сторона будет считать себя свободной от всех принятых на себя обязательств.
7 июля федеральная сторона ответила, что полного снятия блокпостов не будет: командование федеральных войск увязывает этот вопрос «с общей нормализацией обстановки».
8 июля В.В. Тихомиров предъявил ультиматум: если 3. Яндарбиев не даст «пояснения по всем фактам» и «завтра к 18.00 не будут возвращены все пленные, находящиеся в руках у боевиков», он примет «адекватные меры». В тот же день в Чечню прибыл исполняющий обязанности командующего Объединенной группировкой генерал К.Б. Пуликовский. Федеральное командование объявило, что вводит в Чечне с 10 июля комендантский час — с 21.00 до 05.00. 9 июля 1996 года полномасштабные боевые действия были возобновлены. По «подпольному» телеканалу, который «почему-то», в случае надобности, глушил все остальные, выступил «и.о. Дудаева» — Зелимхан Яндарбиев. Он сообщил об «отказе вести переговоры» бандитской стороной и призвал чеченцев «уничтожать членов правительства Чеченской республики, сторонников этого правительства и всех русских, проживающих в республике», после чего заявил о необходимости «вести войну до победного конца» (52). С 9 по 12 июля федеральными силами была проведена операция в селе Гехи против отряда Д. Махаева, заместителя командующего войсками юго-западного направления НВФ. 11 июля Д. Махаев погиб в ходе боев. 11 июля на мине в районе села Гехи погиб заместитель командующего Северо-Кавказским округом ВВ МВД генерал-майор Н.В. Скрыпник. С 10 по 16 июля федеральные войска провели операцию в селе Махкеты, где располагался штаб 3. Яндарбие-ва. В селе была захвачена база подготовки НВФ. 13–16 июля федеральные войска проводили операцию в селах Аллерой, Центорой, Бачи-Юрт. 14 июля федеральные войска блокировали села Веденского района.
17–18 июля прошло заседание Совета обороны НВФ, после которого было заявлено, что принято постановление, которое «носит закрытый характер». 18 июля в 22.00 в Грозном на 1-м канале ТВ начал работу телепередатчик чеченских сепаратистов. 20 июля федеральные войска начали операцию в горах юго-западнее Шатоя, которая продолжалась до первой декады августа. 24 июля исполняющий обязанности командующего Объединенной группировкой К.Б. Пуликовский заявил, что переговоры с чеченской стороной «могут вестись только о прекращении сопротивления и сдаче оружия». В ночь на 26 июля произошло столкновение между федеральным и чеченским отрядами в селе Бамут. 31 июля 1996 года в ставке Масхадова в селении Старые Атаги Урус-Мартановского района состоялось совещание руководства бандформирований, на котором обсуждались тактический план нападения на Грозный, задачи отдельных отрядов в ходе операции. В разработке операции были использованы полученные ранее разведданные по обстановке в городе и размещению позиций российских войск. На совещании присутствовали: Яндарбиев, Басаев, Гелаев, ряд командиров крупных группировок.
Были намечены объекты первоочередного нападения, коридоры входа-выхода по линиям Алхан-Юрт — Грозный и Алхан-Кала — Грозный. В лесу у селения Алхан-Юрт был сформирован резервный отряд до 300 человек под руководством Джабы. В селениях Ермоловский, Гехи, Алхан-Кала позднее собрались около 200 боевиков из Сунженского и Наурского районов и Ингушетии. К началу августа 1996 года из проживавших в Чечне до воцарения там Дудаева 400 тысяч русских осталось не более 50 тысяч. Причем половина из них в Грозном, а остальные в Наурском и Шелковском (наиболее оппозиционных Дудаеву) районах. К началу августа произошли и некоторые кадровые изменения в руководстве федеральных сил.