6 мая была обстреляна колонна российских МЧС, два человека ранены; 11-го-обстреляна колонна федеральных сил, погибли 18 военнослужащих. 8 начале мая, в ходе проведения спецоперации по захвату главарей бандитов, подразделениям ФС удалось захватить группу влиятельных чеченских боевиков. 1 мая был арестован Р. Лагомедов (один из сторонников полевого командира Р. Гелаева), участвовавший в боях против ФС в населенном пункте Комсомольское. 9 мая сотрудниками спецслужб был задержан директор Национальной службы безопасности Чечни (в правительстве А. Масхадова) И. Хултыгов. Он был задержан в населенном пункте Мескеты Веденского района. Хултыгов получил должность директора НСБ в августе 1998 года после убийства его брата, ранее занимавшего эту должность. Будучи директором НСБ, Хултыгов неоднократно выступал с заявлениями о привлечении к ответственности тех, кто похищает людей, продает оружие, и организаторов громких убийств в республике. 19 мая был задержан В. Муртазалиев, занимавший высокие посты в «правительстве» А. Масхадова. Он занимал пост «генерального военного прокурора Ичкерии» с августа 1996 года по январь 1998, а с января по октябрь 1998 года был «министром юстиции». 21 мая в городе Шали сотрудниками спецслужб был задержан (в собственном доме) Р. Алиходжиев. Тогда же удалось задержать брата полевого командира Хархароева и троих охранников «чеченского Геббельса» М. Удугова. Задержание Хархароева произошло в Ингушетии (при осмотре рейсового автобуса). Задержанный признался, что является связным полевого командира Горакоева. 23 мая в ходе спецоперации погиб известный полевой командир А. Мовсаев, участвовавший в нападении на Буденновск в 1995 году. Если непосредственно в ходе боевых действий было уничтожено относительно небольшое число чеченских полевых командиров, то, согласно официальным заявлениям, в результате целенаправленных специальных операций федеральным силам удалось уничтожить либо нейтрализовать «практически все среднее и низшее звено руководства НВФ». Масхадов даже издал приказ о лишении «воинских званий и всех наград Ичкерии» 20 полевых командиров, в числе которых было 3 «бригадных генерала», 14 «полковников» и 3 «майора». Указ гласил, что все они «лишены воинских званий за отказ от участия в боевых действиях и дезертирство». Дезертиром также объявлен глава администрации Масхадова А. Баталов, арестованный 13 апреля российскими спецслужбами. Согласно указу, полевые командиры Бакуев, Арсанов, Мукаев, Домбаев и Дадаев приговорены к смертной казни за нежелание «воевать с неверными».