— разоружение всех клановых вооруженных группировок и предотвращение внутричеченского столкновения;
— борьба с вооруженными грабителями и мародерами, которые, называясь «бойцами сопротивления», занимаются разбоем и дискредитируют «чеченскую сторону»;
— содействие выводу федеральных войск с территории республики, недопущение при этом провокаций и обеспечение воинским колоннам безопасности и беспрепятственного продвижения. Член коалиционного совета «Конгресса вайнахских диаспор», который проходил в Одессе в сентябре 1996 года. 17 октября 1996 был назначен на пост премьер-министра коалиционного правительства Чечни с формулировкой «на переходный период», одновременно занимал посты министра обороны и начальника Главного штаба вооруженных сил. 23 ноября 1996 г. подписал соглашение о принципах взаимоотношений между федеральным центром и Чеченской республикой. От федеральной российской делегации соглашение подписал председатель правительства РФ Виктор Черномырдин. В декабре 1996 г., в соответствии с законом о выборах, ушел с официальных постов — премьер-министра коалиционного правительства, начальника Главного штаба Вооруженных сил, заместителя главнокомандующего ВС Чеченской республики Ичкерия, чтобы иметь право баллотироваться на пост президента Чечни. 3 декабря 1996 выдвинул свою кандидатуру на пост президента ЧРИ. В качестве кандидата на пост вице-президента баллотировался Ваха Арсанов. 26 января 1997 года победил на выборах президента, набрав 59,1 % голосов избирателей. Вступил в должность после инаугурации 12 февраля 1997 года. Одновременно занял пост председателя Кабинета министров и, оставаясь главнокомандующим всеми Вооруженными силами республики, упразднил пост министра обороны, который занимал с конца 1996 г. Большинство жителей мятежной республики видели в Масхадове гаранта цивилизованного «развода» с Россией. Они надеялись, что ему удастся призвать полевых командиров к порядку, обуздав бандитизм и криминальный произвол.